SylabUZ

Wygeneruj PDF dla tej strony

PW15a - Zastosowanie modelu Markowa w różnych dziedzinach bioinformatyki - opis przedmiotu

Informacje ogólne
Nazwa przedmiotu PW15a - Zastosowanie modelu Markowa w różnych dziedzinach bioinformatyki
Kod przedmiotu 13.9-WB-Biol2P-Biolo.-S16
Wydział Wydział Nauk Biologicznych
Kierunek Biologia
Profil ogólnoakademicki
Rodzaj studiów pierwszego stopnia z tyt. licencjata
Semestr rozpoczęcia semestr zimowy 2018/2019
Informacje o przedmiocie
Semestr 6
Liczba punktów ECTS do zdobycia 2
Typ przedmiotu obowiązkowy
Język nauczania polski
Sylabus opracował
  • dr hab. Jacek Leluk, prof. UZ
Formy zajęć
Forma zajęć Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) Forma zaliczenia
Laboratorium 15 1 9 0,6 Zaliczenie na ocenę
Wykład/Zdalne 15 1 9 0,6 Zaliczenie na ocenę

Cel przedmiotu

Celem przedmiotu jest zapoznanie sie z zastosowaniem stochastycznych łańcuchów Markowa w różnych dziedzinach biologii molekularnej ze szczególnym uwzględnieniem teoretycznej analizy w bioinformatyce. ważnym celem jest umiejętność oceny czy zastosowanie moedelu Markowa do opisania danego procesu jest podejściem właściwym i i czy odzwierciedla naturę tego procesu.

Wymagania wstępne

Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego.

Zakres tematyczny

Charaktyrystyka podstawowych założeń modelu Markowa. Znaczenie i wpływ przemian zaszłych w przeszłości na prawdopodobieństwo kolejnych przemian mutacyjnych.  Przykłady procesów markowowskich i niemarkowowskich. Wykorzystanie modeli Markowa do identyfikacji i lokalizacji sekwencji kodujących w genomie, jako przykład właściwego zastosowania tego modelu. Błędne stosowanie modelu Markowa oraz stochastycznych macierzy PAM i BLOSUM w procesach zmienności mutacyjnej na poziomie fenotypowym białek. znaczenie przemian, które miały miejsce w przeszłości na prawdopodobieństwo dalszych przemian mutacyjnych w określonym kierunku. Wpływ historycznych przemian mutacyjnych na spektrum zmienności aminokwasu w dalszych możliwych przemianach. Określenie jaką część kodu genetycznego stanowi zapis o historii dawniejszych przemian i po ilu mutacjach ten zapis zanika. Wykorzystanie niemarkowowskiego modelu do opisu prawdopodobeństwa przemian mutacyjnych w białkach - i jego skuteczność. Algorytm semihomologii genetycznej.

Metody kształcenia

Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Korzystanie z materiału zdalnego nauczania (e-learning)

Efekty uczenia się i metody weryfikacji osiągania efektów uczenia się

Opis efektu Symbole efektów Metody weryfikacji Forma zajęć

Warunki zaliczenia

 Test zaliczeniowy.

Ocena końcowa to zaliczenie na ocenę uzyskaną w wyniku rozwiązania testu zaliczeniowego.

Literatura podstawowa

1. Baxevanis, A.D, Ouellette, B.F.F. (red.),  Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.

2. Jin Xiong, Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2011

3. Higgs Paul G., Attword Teresa K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2008.

Literatura uzupełniająca

Uwagi


Zmodyfikowane przez dr Renata Grochowalska (ostatnia modyfikacja: 13-06-2018 19:40)