Biologiczne bazy danych - opis przedmiotu

Informacje ogólne

Nazwa przedmiotu	Biologiczne bazy danych
Kod przedmiotu	13.9-WB-BTP-biol_ba-S19
Wydział	Wydział Nauk Biologicznych
Kierunek	Biotechnologia
Profil	ogólnoakademicki
Rodzaj studiów	pierwszego stopnia z tyt. licencjata
Semestr rozpoczęcia	semestr zimowy 2020/2021

Informacje o przedmiocie

Semestr	3
Liczba punktów ECTS do zdobycia	2
Typ przedmiotu	obowiązkowy
Język nauczania	polski
Sylabus opracował	dr Elżbieta Heger

Formy zajęć

Forma zajęć	Liczba godzin w semestrze (stacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne)	Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne)	Forma zaliczenia
Laboratorium	15	1	-	-	Zaliczenie na ocenę
Wykład	15	1	-	-	Zaliczenie na ocenę

Cel przedmiotu

Celem przedmiotu jest prezentacja najważniejszych, współcześnie rozwijających się biologicznych baz danych ze szczególnym uwzględnieniem baz z zakresu danych biotechnologicznych, praktycznego wykorzystania ich potencjału w analizach in silico, planowaniu zadań eksperymentalnych czy analizie porównawczej przypadków patologii molekularnych.

Wymagania wstępne

Znajomość zagadnień z zakresu biochemii, genetyki i biologii komórki.Umiejętność obsługi komputera oraz korzystania z programów komputerowych i źródeł internetowych.

Zakres tematyczny

Laboratorium komputerowe

1. Indeks biologicznych baz danych. Źródła i rodzaje danych biologicznych. Danych do analiz i symulacji w biotechnologii.

2. Rejestry BBD i ich aktualizacje. Analiza źródeł finansowania, nadzoru i metod weryfikacji zasobów dla wybranych przykładów baz.

3. Przykłady baz źródłowych i zasobów pierwotnych. Analiza dynamiki rozwoju poszczególnych typów zasobów.

4. Przykłady baz wtórnych, konstrukcja metabaz i baz specjalistycznych.

5. Struktura bazy The National Center for Biotechnology Information (NCBI).

6. Bazy sekwencji DNA (GenBank,EMBL, DDBJ i in.),

7. Bazy sekwencji i struktur białkowych (UniProt, ExPASy, Swiss -Prot, Protein Data Bank, BRENDA i in.)

8. Bazy bibliograficzne (PubMed, PubMed Central, BookShelf i in.).

9. Analiza wybranych zasobów, ważnych z punktu widzenia planowania i analiz w biotechnologii.

Metody kształcenia

Laboratorium komputerowe: ćwiczenia z wykorzystaniem programów komputerowych i zasobów internetowych baz danych. Wyszukiwanie, prezentacje wyników i analiza danych. Konsultacje indywidualne.

Efekty uczenia się i metody weryfikacji osiągania efektów uczenia się

Opis efektu	Symbole efektów	Metody weryfikacji	Forma zajęć

Warunki zaliczenia

Laboratorium komputerowe: warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnych ocen z testu końcowego (ocena pozytywna powyżej 60 % punktów możliwych do uzyskania), przygotowania zaplanowanych sprawozdań pisemnych i jednej prezentacji multimedialnej. Test zaliczeniowy to test praktycznych umiejętności, zawiera 20 zadań których realizacja wymaga odpowiedniego wyboru zasobów danych, prawidłowego postępowania analitycznego i wysunięcia wniosków. Czas trwania zaliczenia 60 minut. Pozytywną ocenę uzyskuje student po udzieleniu 60 % poprawnych odpowiedzi.

Literatura podstawowa

1. Xiong J. 2009.Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa

2. https://doi.org/10.1016/j.gpb.2015.01.006

3. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/4/

4. http://www.ncbi.nlm.nih.gov

5. http://www.embl.de/

6. http://www.ddbj.nig.ac.jp

Literatura uzupełniająca

1. Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), 2004.Bioinformatyka.Podręcznik do analizy genów i białek. PWN,Warszawa.

2. Higgs P.W., Attwood T.K.2008.Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa.

Uwagi

Zmodyfikowane przez dr Elżbieta Heger (ostatnia modyfikacja: 29-04-2020 01:56)