SylabUZ
Nazwa przedmiotu | Zastosowania bioinformatyki |
Kod przedmiotu | 13.9-WB-BTD-Z_B-S18 |
Wydział | Wydział Nauk Biologicznych |
Kierunek | Biotechnologia / Mikrobioanalityka w biotechnologii |
Profil | ogólnoakademicki |
Rodzaj studiów | drugiego stopnia z tyt. magistra |
Semestr rozpoczęcia | semestr zimowy 2021/2022 |
Semestr | 1 |
Liczba punktów ECTS do zdobycia | 4 |
Typ przedmiotu | obowiązkowy |
Język nauczania | polski |
Sylabus opracował |
|
Forma zajęć | Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) | Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) | Forma zaliczenia |
Wykład | 15 | 1 | - | - | Zaliczenie na ocenę |
Laboratorium | 25 | 1,67 | - | - | Zaliczenie na ocenę |
Poznanie bioinformatycznych metod badawczych, bioinformatycznych baz danych/serwisów internetowych oraz biologicznych baz literaturowych.
Poznanie wybranych aplikacji bioinformatycznych oraz ich zastosowań.
Obsługa komputera i Internetu.
Wykład:
Bioinformatyczne bazy danych/serwisy internetowe. Analiza ewolucji organizmów oraz atraktory organizmów. Dystanse ewolucyjne. Drzewa filogenetyczne oraz algorytmy ich tworzenia. Wzajemne dopasowanie sekwencji. Macierz kropkowa (dot-matrix) 2D i nD. Metody czyszczenia dot-matrix. Szacowanie istotności podobieństwa porównywanych sekwencji. Współczynnik Pan i jego zastosowanie. Semihomologia genetyczna. Detekcja insercji, delecji oraz typów semihomologii. Określanie reprezentantów. Modelowanie i analiza struktur białek. Analiza rozwoju nowotworów. Metody o funkcjonalności bioinformatycznej i ich implementacja.
Laboratorium:
Tematyka praktycznych ćwiczeń laboratoryjnych nawiązująca oraz utrwalająca wiedzę z wykładów:
- analiza ewolucji organizmów w tym organizmów o znaczeniu przemysłowym,
- zastosowania dot-matrix,
- modelowanie i analiza struktur białek,
- implementacja metod o funkcjonalności bioinformatycznej.
Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego.
Opis efektu | Symbole efektów | Metody weryfikacji | Forma zajęć |
Wykład - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnej oceny z końcowego eseju bioinformatycznego.
Laboratorium - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnych ocen ze wszystkich ćwiczeń laboratoryjnych, przewidzianych do realizacji w ramach programu laboratorium.
1. Baxevanis A.D, Ouellette B.F.F. (red.), Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.
2. Berg J.M, Tymoczko J.L., Stryer L., Biochemia, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2005.
3. Hall B.G., Łatwe drzewa filogenetyczne - poradnik użytkownika, Warszawa 2008.
4. Higgs P.G., Attword T.K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2011.
5. Xiong J., Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2011.
Zmodyfikowane przez dr hab. inż. Andrzej Kasperski, prof. UZ (ostatnia modyfikacja: 19-04-2021 14:17)