SylabUZ

Wygeneruj PDF dla tej strony

Biomedyczne bazy danych - opis przedmiotu

Informacje ogólne
Nazwa przedmiotu Biomedyczne bazy danych
Kod przedmiotu 13.1-WB-Biol2P-Biom-S19
Wydział Wydział Nauk Biologicznych
Kierunek Biologia
Profil ogólnoakademicki
Rodzaj studiów pierwszego stopnia z tyt. licencjata
Semestr rozpoczęcia semestr zimowy 2022/2023
Informacje o przedmiocie
Semestr 4
Liczba punktów ECTS do zdobycia 2
Typ przedmiotu obowiązkowy
Język nauczania polski
Sylabus opracował
  • dr Elżbieta Heger
Formy zajęć
Forma zajęć Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) Forma zaliczenia
Laboratorium 30 2 - - Zaliczenie na ocenę

Cel przedmiotu

Celem przedmiotu jest prezentacja najważniejszych, współcześnie rozwijających się biologicznych baz danych ze szczególnym uwzględnieniem baz z zakresu danych biomedycznych, praktycznego wykorzystania ich potencjału w analizach in silico, planowaniu zadań eksperymentalnych czy analizie porównawczej przypadków patologii molekularnych.

Wymagania wstępne

Znajomość zagadnień z zakresu biochemii, genetyki i biologii komórki.Umiejętność obsługi komputera oraz korzystania z programów komputerowych i źródeł internetowych.

Zakres tematyczny

Laboratorium komputerowe

1. Indeks biologicznych baz danych. Źródła i i rodzaje danych biologicznych i danych do analiz i symulacji biomedycznych.

2. Rejestry BBD i ich aktualizacje. Analiza źródeł finansowania, nadzoru i metod weryfikacji zasobów dla wybranych przykładów baz.

3. Przykłady baz źródłowych i zasobów pierwotnych. Analiza dynamiki rozwoju poszczególnych typów zasobów.

4. Przykłady baz wtórnych, konstrukcja metabaz i  baz specjalistycznych.

5. Struktura bazy The National Center for Biotechnology Information (NCBI).

6. Bazy sekwencji DNA (GenBank,EMBL, DDBJ i in.),

7. Bazy sekwencji i struktur białkowych (UniProt, ExPASy, Swiss -Prot, Protein Data Bank, BRENDA i in.)

8. Bazy bibliograficzne (PubMed, PubMed Central, BookShelf i in.). 

9. Analiza wybranych zasobów biomedycznych w bazach danych.


 

Metody kształcenia

Laboratorium komputerowe: ćwiczenia z wykorzystaniem programów komputerowych i zasobów internetowych baz danych. Konsultacje indywidualne.

Efekty uczenia się i metody weryfikacji osiągania efektów uczenia się

Opis efektu Symbole efektów Metody weryfikacji Forma zajęć

Warunki zaliczenia

Laboratorium komputerowe: warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnych ocen z  testu końcowego (ocena pozytywna powyżej 50 %  punktów możliwych do uzyskania), przygotowania zaplanowanych sprawozdań pisemnych i jednej prezentacji multimedialnej. Test zaliczeniowy to test praktycznych umiejętności, zawiera 20 zadań których realizacja wymaga odpowiedniego wyboru zasobów danych, prawidłowego postępowania analitycznego i wysunięcia wniosków. Czas trwania zaliczenia 60 minut. Pozytywną ocenę uzyskuje student po udzieleniu 50 % poprawnych odpowiedzi.

 

Literatura podstawowa

1. Xiong J. 2009.Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa

2. https://doi.org/10.1016/j.gpb.2015.01.006

3. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/4/

4. http://www.ncbi.nlm.nih.gov

5. http://www.embl.de/

6. http://www.ddbj.nig.ac.jp

Literatura uzupełniająca

1. Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), 2004.Bioinformatyka.Podręcznik do analizy genów i białek. PWN,Warszawa.

2. Higgs P.W., Attwood T.K.2008.Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa.

Uwagi


Zmodyfikowane przez dr Anna Wróblewska-Kurdyk (ostatnia modyfikacja: 15-04-2022 11:40)