SylabUZ

Wygeneruj PDF dla tej strony

Zastosowanie bioinformatyki - opis przedmiotu

Informacje ogólne
Nazwa przedmiotu Zastosowanie bioinformatyki
Kod przedmiotu 13.9-WB-BTD-ZaBio-S20
Wydział Wydział Nauk Biologicznych
Kierunek Biotechnologia / Biotechnologia farmaceutyczna
Profil ogólnoakademicki
Rodzaj studiów drugiego stopnia z tyt. magistra
Semestr rozpoczęcia semestr zimowy 2022/2023
Informacje o przedmiocie
Semestr 2
Liczba punktów ECTS do zdobycia 2
Typ przedmiotu obowiązkowy
Język nauczania polski
Sylabus opracował
  • dr hab. inż. Andrzej Kasperski, prof. UZ
Formy zajęć
Forma zajęć Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) Forma zaliczenia
Laboratorium 30 2 - - Zaliczenie na ocenę

Cel przedmiotu

Poznanie bioinformatycznych metod badawczych oraz bioinformatycznych i biologicznych baz danych/serwisów internetowych. Poznanie wybranych aplikacji, metod i algorytmów bioinformatycznych oraz ich zastosowań.

Wymagania wstępne

Obsługa komputera i Internetu.

Zakres tematyczny

Tematyka praktycznych ćwiczeń laboratoryjnych:
- bioinformatyczne i biologiczne bazy danych/serwisy internetowe,
- analiza ewolucji organizmów w tym organizmów o znaczeniu przemysłowym/biotechnologicznym. Atraktory organizmów,
- modelowanie i analiza struktur białek,
- wzajemne dopasowanie sekwencji. Macierz kropkowa (dot-matrix) 2D i nD. Semihomologia genetyczna,
- metody czyszczenia dot-matrix. Współczynnik Pan i jego zastosowanie. Szacowanie istotności podobieństwa porównywanych sekwencji. Określanie reprezentantów,
- wybrane zastosowania dot-matrix. Detekcja insercji, delecji oraz typów semihomologii. Specyfika anemii sierpowatej,
- dystanse ewolucyjne. Drzewa filogenetyczne oraz metody i algorytmy ich tworzenia,
- analiza rozwoju nowotworów. Specyfika atraktorów nowotworowych,
- implementacja metod o funkcjonalności bioinformatycznej.

Metody kształcenia

Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego.

Efekty uczenia się i metody weryfikacji osiągania efektów uczenia się

Opis efektu Symbole efektów Metody weryfikacji Forma zajęć

Warunki zaliczenia

Laboratorium - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnych ocen ze wszystkich ćwiczeń laboratoryjnych przewidzianych do realizacji w ramach programu laboratorium. Ocena końcowa z laboratorium jest średnią arytmetyczną ocen uzyskanych z poszczególnych ćwiczeń laboratoryjnych.

Literatura podstawowa

1. Baxevanis A.D, Ouellette B.F.F. (red.), Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.
2. Berg J.M, Tymoczko J.L., Stryer L., Biochemia, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2005.
3. Hall B.G., Łatwe drzewa filogenetyczne - poradnik użytkownika, Warszawa 2008.
4. Higgs P.G., Attword T.K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2011.
5. Xiong J., Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2011.

Literatura uzupełniająca

Uwagi


Zmodyfikowane przez dr hab. inż. Andrzej Kasperski, prof. UZ (ostatnia modyfikacja: 23-04-2022 12:47)