Podstawy bioinformatyki - opis przedmiotu

Informacje ogólne

Nazwa przedmiotu	Podstawy bioinformatyki
Kod przedmiotu	11.3-WF-FizD-PB-S17
Wydział	Wydział Nauk Ścisłych i Przyrodniczych
Kierunek	Fizyka
Profil	ogólnoakademicki
Rodzaj studiów	drugiego stopnia z tyt. magistra
Semestr rozpoczęcia	semestr zimowy 2024/2025

Informacje o przedmiocie

Semestr	3
Liczba punktów ECTS do zdobycia	4
Występuje w specjalnościach	Fizyka medyczna
Typ przedmiotu	obowiązkowy
Język nauczania	polski
Sylabus opracował	dr hab. Jarosław Piskorski, prof. UZ

Formy zajęć

Forma zajęć	Liczba godzin w semestrze (stacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne)	Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne)	Forma zaliczenia
Wykład	15	1	-	-	Egzamin
Laboratorium	30	2	-	-	Zaliczenie na ocenę

Cel przedmiotu

Zapoznanie studentów z teoretycznymi, obliczeniowymi i praktycznymi elementami bioinformatyki.
Przygotowanie do pracy w pracowni bioinformatyki w jednostce medycznej lub naukowej.

Wymagania wstępne

Znajomość podstaw rachunku prawdopodobieństwa, biostatystyki oraz matematycznych metod bioinformatyki.
Umiejętność programowania w języku Python lub języku R

Zakres tematyczny

1) Podstawy genów i genomu
2) Podstawy ewolucji molekularnej
3) Technologie genomowe
4) Dane, bazy danych, formaty, wyszukiwanie i pobieranie danych / przeglądarki genomów
5) Przetwarzanie dużych wolumenów danych w bioinformatyce / big data w bioinformatyce
6) Dopasowanie sekwencji i wyszukiwanie na podstawie podobieństwa
7) Sekwencjonowanie
8) Metoda analizy mikromacierzy
9) Struktura białek
Podczas ćwiczeń studenci będą rozwiązywali zadania programistyczne związane z powyższymi
tematami posługując się językiem Python lub R.

Metody kształcenia

Wykład problemowy oraz konwersatoryjny. Ćwiczenia laboratoryjne, zadania programistycznie oraz projekty.

Efekty uczenia się i metody weryfikacji osiągania efektów uczenia się

Opis efektu	Symbole efektów	Metody weryfikacji	Forma zajęć

Warunki zaliczenia

Wykład:
Warunkiem zaliczenia wykładu jest zdanie egzaminu końcowego pisemnego polegającego na opisaniu kilku problemów teoretycznych.
Ćwiczenia:
W trakcie zajęć laboratoryjnych studenci wykonywać będą otwarte projekty oparte o zawartość wykładów

Ocena końcowa: 40% oceny z egzaminu i 60 % oceny z zajęć laboratoryjnych.

Obciążenie pracą	Studia stacjonarne (w godz.)	Studia niestacjonarne (w godz.)
Godziny kontaktowe (udział w zajęciach; konsultacjach; egzaminie, itp.)	52	-
Samodzielna praca studenta (przygotowanie do: zajęć, kolokwium, egzaminu; studiowanie literatury przygotowanie: pracy pisemnej, projektu, prezentacji, raportu, wystąpienia; itp.)	60	-
Łącznie	112	-
Punkty ECTS	Studia stacjonarne	Studia niestacjonarne
Zajęcia z udziałem nauczyciela akademickiego	2	-
Zajęcia bez udziału nauczyciela akademickiego	2	-
Łącznie	4	-

Literatura podstawowa

[1] Supratim Choudhuri, Bioinformatics for Beginners: Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools,
[2] Phillip Compeau and Pavel Pevzner, Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach, 2nd Ed

Literatura uzupełniająca

Uwagi

Zmodyfikowane przez dr Marcin Kośmider (ostatnia modyfikacja: 02-06-2024 17:48)