PW7b - Profilowanie genomów i transkryptomów - opis przedmiotu

Informacje ogólne

Nazwa przedmiotu	PW7b - Profilowanie genomów i transkryptomów
Kod przedmiotu	13.9-WB-BTP-Profil.gen.-S16
Wydział	Wydział Nauk Biologicznych
Kierunek	Biotechnologia
Profil	ogólnoakademicki
Rodzaj studiów	pierwszego stopnia z tyt. licencjata
Semestr rozpoczęcia	semestr zimowy 2017/2018

Informacje o przedmiocie

Semestr	4
Liczba punktów ECTS do zdobycia	3
Typ przedmiotu	obowiązkowy
Język nauczania	polski
Sylabus opracował	dr Elżbieta Heger

Formy zajęć

Forma zajęć	Liczba godzin w semestrze (stacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne)	Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne)	Forma zaliczenia
Wykład	15	1	-	-	Zaliczenie na ocenę
Laboratorium	15	1	-	-	Zaliczenie na ocenę

Cel przedmiotu

Wprowadzenie w zagadnienia wielkoskalowych analiz genomów i transkryptomów. Prezentacja typów mikromacierzy, zasad ich projektowania i wykorzystywanych sond molekularnych w zależności od planowanego eksperymentu. Prezentacja repozytoriów sekwencji biologicznych, pozyskiwania danych, ich ograniczeń oraz narzędzi bioinformatycznych do przeszukiwania zasobów, rozpoznawania i przekształcania formatów uzyskanych danych.

Wymagania wstępne

Ukończenie kursu biochemii i genetyki.

Zakres tematyczny

Strategie sekwencjonowania genomów i transkryptomów. Składanie i analiza sekwencji EST, składanie sekwencji genomowych, adnotacje genomów. Identyfikacja genów w sekwencjach genomowych prokariotów i eukariontów. Analiza elementów powtarzalnych. Identyfikacja elementów regulatorowych. Wielkoskalowe techniki analizy ekspresji genów. Analiza ekspresji genów na podstawie danych z mikromacierzy, EST i SAGE. Zasady planowania i przeprowadzania eksperymentów mikromacierzowych. Rodzaje mikromacierzy. Metody projektowania sond. Metody analizy danych mikromacierzowych. Wprowadzenie do systemów baz danych.

Metody kształcenia

Wykład z prezentacjami multimedialnymi. Laboratorium komputerowe - samodzielna praca z wykorzystaniem zasobów internetowych baz danych ekspresyjnych.

Dyskusje uzyskiwanych wyników.

Efekty uczenia się i metody weryfikacji osiągania efektów uczenia się

Opis efektu	Symbole efektów	Metody weryfikacji	Forma zajęć

Warunki zaliczenia

1. Obecność na zajęciach.

2. Pozytywna ocena zaliczenia laboratoriów na podstawie prawidłowo wykonanych analiz, ich interpretacji i opracowań w formie sprawozdania. Na pozytywną ocenę (dostateczny) należy uzyskać co najmniej 60% zaplanowanych punktów.

3. Pozytywna ocena zaliczenia wykładu - test złożony z 30 pytań jednokrotnego wyboru - należy uzyskać co najmniej 60% zaplanowanych punktów.

Literatura podstawowa

Xiong J. 2009 Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa.

Brown TA, Genomy. Wydawnictwo Naukowe PWN; wydanie II, 2009.

Literatura uzupełniająca

Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), 2004. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. PWN, Warszawa.Higgs

P.W., Attwood T.K. 2008. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa.

Lesk A. Introduction to Genomics. Wydawnictwo Oxford University Press, 2007.

Campbell A.M., Heyer L.J. Discovering Genomics, Proteomics and Bioinformatics. Wydawnictwo Benjamin Cummings; wydanie II, 2006.

Briat J.F. Functional Plant Genomics. Wydawnictwo: Science Publishers, 2007.

Uwagi

Zmodyfikowane przez dr Elżbieta Heger (ostatnia modyfikacja: 15-05-2017 16:09)