SylabUZ
| Nazwa przedmiotu | Biologiczne bazy danych i programy służące do ich obsługi - przedmiot fakultatywny |
| Kod przedmiotu | 12.8-WL-LEK-BBDPSO |
| Wydział | Wydział Lekarski i Nauk o Zdrowiu |
| Kierunek | Lekarski |
| Profil | praktyczny |
| Rodzaj studiów | jednolite magisterskie sześcioletnie |
| Semestr rozpoczęcia | semestr zimowy 2016/2017 |
| Semestr | 3 |
| Liczba punktów ECTS do zdobycia | 2 |
| Typ przedmiotu | obieralny |
| Język nauczania | polski |
| Sylabus opracował |
|
| Forma zajęć | Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) | Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) | Forma zaliczenia |
| Ćwiczenia | 30 | 2 | 30 | 2 | Zaliczenie |
Poznanie podstawowych bioinformatycznych metod badawczych. Zapoznanie się i rozumienie układu strukturalnego budowy biologicznych baz danych. Zapoznanie się z fundamentalnymi zasadami funkcjonowania aplikacji służących do teoretycznych badań porównawczych sekwencji biologicznych. Rozumienie i umiejętność właściwego doboru narzędzi statystycznych i niestatystycznych w konkretnych badaniach porównawczych. Podstawowe korzystanie z publicznie dostępnych usług bioinformatycznych (BLAST, zasoby białkowe i genomowe). Obsługa wybranych najprostszych i publicznie dostępnych bazowych aplikacji bioinformatycznych. Prawidłowe wzajemne dopasowywanie wielu sekwencji homologicznych. Opanowanie wszystkich obecnie stosowanych metod identyfikacji sekwencji kodujących w genomie. Umiejętność wyboru właściwej metody oraz porównania ich wartości poznawczej w konkretnej analizie teoretycznej. Umiejętność korzystania z programów do wizualizacji i analizy struktur molekularnych (Rasmol, WebLab Viewer, VMD, DSVisualizer17). Właściwy dobór narzędzi (oprogramowania i baz danych) do skutecznej i prawidłowej realizacji projektów badawczych w zakresie molekularnej analizy teoretycznej układów biologicznych.
Obsługa komputera i internetu. Obsługa ogólnoużytkowych programów przewidzianych w programie przedmiotu "Podstawowe zastosowania komputerów".
Historyczny przegląd baz danych i metod teoretycznej analizy porównawczej sekwencji białkowych. Historia powstania i rozwoju biologicznych baz danych. Ogólna charakterystyka struktury i organizacji najpopularniejszych baz. Bazy sekwencji białkowych (UniProt KB, TREMBL, nr), bazy struktur białkowych (PDB) Przegląd podstawowych narzędzi i algorytmów do analizy porównawczej sekwencji biologicznych. Pakiet programów BLAST - ich konstrukcja i sposób korzystania. Metody analizy porównawczej. Główne metody badań podobieństwa sekwencji biologicznych. Istotne kryteria analizy porównawczej sekwencji. Wyczerpujący przegląd współczesnych metod identyfikacji sekwencji kodujących w genomie. Dopasowywanie sekwencji białkowych przy użyciu programu ClustalX oraz innych powszechnie stosowanych programów. Teoretyczna charakterystyka białka na podstawie znanej jego sekwencji aminokwasowej z wykorzystaniem zasobów baz danych.
Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Korzystanie z materiału zdalnego nauczania (e-learning).
| Opis efektu | Symbole efektów | Metody weryfikacji | Forma zajęć |
Test zaliczeniowy.
Ocena końcowa to zaliczenie na ocenę uzyskaną w wyniku rozwiązania testu zaliczeniowego.
Zmodyfikowane przez mgr Beata Wojciechowska (ostatnia modyfikacja: 05-07-2017 12:09)
