SylabUZ

Generate PDF for this page

PW14a - Analiza porównawcza białek z wykorzystaniem algorytmu semihomologii genetycznej - course description

General information
Course name PW14a - Analiza porównawcza białek z wykorzystaniem algorytmu semihomologii genetycznej
Course ID 13.9-WB-Biol2P-Biol.-S16
Faculty Faculty of Exact and Natural Sciences
Field of study biology
Education profile academic
Level of studies First-cycle studies leading to Bachelor's degree
Beginning semester winter term 2018/2019
Course information
Semester 6
ECTS credits to win 1
Course type obligatory
Teaching language polish
Author of syllabus
  • dr hab. Jacek Leluk, prof. UZ
Classes forms
The class form Hours per semester (full-time) Hours per week (full-time) Hours per semester (part-time) Hours per week (part-time) Form of assignment
Lecture 15 1 9 0,6 Credit with grade

Aim of the course

Celem przedmiotu jest opanowanie metod teoretycznej analizy porównawczej białkowych sekwencji spokrewnionych (homologicznych). Poznanie statystycznych i niestatystycznych metod analizy oraz umiejętność oceny przydatności każdej z nich. Zapoznanie się szczegółowe z konstrukcją i działaniem algorytmu semihomologii genetycznej w analizie porównawczej sekwencji homologicznych.

Prerequisites

Obsługa komputera i internetu. Obsługa ogólnoużytkowych programów przewidzianych w programie przedmiotu "Podstawowe zastosowania komputerów". Ukończony kurs z biochemii.

Scope

Zapoznanie się z metodami analizy porównawczej spokrewnionych sekwencji białkowych. Metody dopasowania sekwencji homologicznych. Ocena skuteczności zastosowanej metody. Metody statystyczne i niestatystyczne analizy porównawczej  białek. Charakterystyka stochastycznych macierzy PAM i BLOSUM - wady i zalety ich stosowania. Algorytm semihomologii genetycznej - budowa algorytmu i wstępne założenia. Zastosowanie programu GEISHA3 stosującego algorytm semihomologii genetycznej do analizy porównawczej białek i śledzenia procesu zmienności ewolucyjnej na poziomie molekularnycm. Wykorzystanie algorytmu semihomologii genetycznej do wykrywania i wyjaśniania procesów zmienności ewolucyjnej w białkach homologicznych (wykrywanie mutacji innych niż pojedyncza tranzycja/transwersja, wyjaśnienie pojawiania się pozycji o nadmiernej zmienności mutacyjnej, wirtualna odwrotna translacja - odtwarzanie domniemanego kodu genetycznego dla białek homologicznych)

Teaching methods

Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online. Korzystanie z programów służących do dopasowania homologicznych sekwencji baiłkowych - statystycznych (ClustalX, Multalign, K-Align, T-Coffee) i niestatystycznych (Geisha3). Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Korzystanie z materiału zdalnego nauczania (e-learning).

Learning outcomes and methods of theirs verification

Outcome description Outcome symbols Methods of verification The class form

Assignment conditions

 Test zaliczeniowy.

Ocena końcowa to zaliczenie na ocenę uzyskaną w wyniku rozwiązania testu zaliczeniowego.

Recommended reading

1. Baxevanis, A.D, Ouellette, B.F.F. (red.),  Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.

2. Berg, J.M, Tymoczko, J.L. , Stryer, L., Biochemia, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2005, wydanie III zmienione

3. Leluk, J. (1998) A new algorithm for analysis of the homology in protein primary structure. Computers & Chemistry, 22, 123-131.

4. Leluk, J. (2000) A non-statistical approach to protein mutational variability. BioSystems, 56, 83-93.

Further reading

1. Leluk, J., Hanus-Lorenz, B. Sikorski, A.F. (2001) Application of genetic semihomology algorithm to theoretical studies on various protein families. Acta Biochim. Polon., 48, 21-33.

Notes


Modified by dr Renata Grochowalska (last modification: 13-06-2018 19:39)