SylabUZ

Wygeneruj PDF dla tej strony

PW14a - Analiza porównawcza białek z wykorzystaniem algorytmu semihomologii genetycznej - opis przedmiotu

Informacje ogólne
Nazwa przedmiotu PW14a - Analiza porównawcza białek z wykorzystaniem algorytmu semihomologii genetycznej
Kod przedmiotu 13.9-WB-Biol2P-Biol.-S16
Wydział Wydział Nauk Biologicznych
Kierunek Biologia
Profil ogólnoakademicki
Rodzaj studiów pierwszego stopnia z tyt. licencjata
Semestr rozpoczęcia semestr zimowy 2018/2019
Informacje o przedmiocie
Semestr 6
Liczba punktów ECTS do zdobycia 1
Typ przedmiotu obowiązkowy
Język nauczania polski
Sylabus opracował
  • dr hab. Jacek Leluk, prof. UZ
Formy zajęć
Forma zajęć Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) Forma zaliczenia
Wykład 15 1 9 0,6 Zaliczenie na ocenę

Cel przedmiotu

Celem przedmiotu jest opanowanie metod teoretycznej analizy porównawczej białkowych sekwencji spokrewnionych (homologicznych). Poznanie statystycznych i niestatystycznych metod analizy oraz umiejętność oceny przydatności każdej z nich. Zapoznanie się szczegółowe z konstrukcją i działaniem algorytmu semihomologii genetycznej w analizie porównawczej sekwencji homologicznych.

Wymagania wstępne

Obsługa komputera i internetu. Obsługa ogólnoużytkowych programów przewidzianych w programie przedmiotu "Podstawowe zastosowania komputerów". Ukończony kurs z biochemii.

Zakres tematyczny

Zapoznanie się z metodami analizy porównawczej spokrewnionych sekwencji białkowych. Metody dopasowania sekwencji homologicznych. Ocena skuteczności zastosowanej metody. Metody statystyczne i niestatystyczne analizy porównawczej  białek. Charakterystyka stochastycznych macierzy PAM i BLOSUM - wady i zalety ich stosowania. Algorytm semihomologii genetycznej - budowa algorytmu i wstępne założenia. Zastosowanie programu GEISHA3 stosującego algorytm semihomologii genetycznej do analizy porównawczej białek i śledzenia procesu zmienności ewolucyjnej na poziomie molekularnycm. Wykorzystanie algorytmu semihomologii genetycznej do wykrywania i wyjaśniania procesów zmienności ewolucyjnej w białkach homologicznych (wykrywanie mutacji innych niż pojedyncza tranzycja/transwersja, wyjaśnienie pojawiania się pozycji o nadmiernej zmienności mutacyjnej, wirtualna odwrotna translacja - odtwarzanie domniemanego kodu genetycznego dla białek homologicznych)

Metody kształcenia

Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online. Korzystanie z programów służących do dopasowania homologicznych sekwencji baiłkowych - statystycznych (ClustalX, Multalign, K-Align, T-Coffee) i niestatystycznych (Geisha3). Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Korzystanie z materiału zdalnego nauczania (e-learning).

Efekty kształcenia i metody weryfikacji osiągania efektów kształcenia

Opis efektu Symbole efektów Metody weryfikacji Forma zajęć

Warunki zaliczenia

 Test zaliczeniowy.

Ocena końcowa to zaliczenie na ocenę uzyskaną w wyniku rozwiązania testu zaliczeniowego.

Obciążenie pracą

Obciążenie pracą Studia stacjonarne
(w godz.)
Studia niestacjonarne
(w godz.)
Godziny kontaktowe (udział w zajęciach; konsultacjach; egzaminie, itp.) 20 10
Samodzielna praca studenta (przygotowanie do: zajęć, kolokwium, egzaminu; studiowanie literatury przygotowanie: pracy pisemnej, projektu, prezentacji, raportu, wystąpienia; itp.) 5 15
Łącznie 25 25
Punkty ECTS Studia stacjonarne Studia niestacjonarne
Zajęcia z udziałem nauczyciela akademickiego 1 1
Zajęcia bez udziału nauczyciela akademickiego 0 0
Łącznie 1 1

Literatura podstawowa

1. Baxevanis, A.D, Ouellette, B.F.F. (red.),  Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.

2. Berg, J.M, Tymoczko, J.L. , Stryer, L., Biochemia, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2005, wydanie III zmienione

3. Leluk, J. (1998) A new algorithm for analysis of the homology in protein primary structure. Computers & Chemistry, 22, 123-131.

4. Leluk, J. (2000) A non-statistical approach to protein mutational variability. BioSystems, 56, 83-93.

Literatura uzupełniająca

1. Leluk, J., Hanus-Lorenz, B. Sikorski, A.F. (2001) Application of genetic semihomology algorithm to theoretical studies on various protein families. Acta Biochim. Polon., 48, 21-33.

Uwagi


Zmodyfikowane przez dr Renata Grochowalska (ostatnia modyfikacja: 13-06-2018 19:39)