SylabUZ
| Course name | PW14b - Oszacowanie istotności podobieństwa porównywanych sekwencji białkowych. Metody analizy porównawczej sekwencji |
| Course ID | 13.9-WB-Biol2P-Bio.-S16 |
| Faculty | Faculty of Exact and Natural Sciences |
| Field of study | biology |
| Education profile | academic |
| Level of studies | First-cycle studies leading to Bachelor's degree |
| Beginning semester | winter term 2018/2019 |
| Semester | 6 |
| ECTS credits to win | 1 |
| Course type | obligatory |
| Teaching language | polish |
| Author of syllabus |
|
| The class form | Hours per semester (full-time) | Hours per week (full-time) | Hours per semester (part-time) | Hours per week (part-time) | Form of assignment |
| Lecture | 15 | 1 | 9 | 0,6 | Credit with grade |
Celem przedmiotu jest zdobycie wiedzy na temat zasad oszacowania istotności obserwowanego podobieństwa porównywanych sekwencji. zapoznanie sie z różnymi metodami takiego oszacowania, weryfikacja ich przydatności i skuteczności. zapoznanie się z ważnymi kryteriami oceny istotności obserwowanego podobieństwa sekwencji. Wybór i zastosowanie odpowiedniego narzędzia do weryfikacji istotności wykrytego podobieństwa porównywanych sekwencji białkowych/nukleotydowych.
Obsługa komputera i internetu. Obsługa ogólnoużytkowych programów przewidzianych w programie przedmiotu "Podstawowe zastosowania komputerów". umiejętność korzystania z biologicznych baz danych. Opanowanie bioinformatycznych podstaw analizy porównawczej sekwencji biologicznych.
Stosowane powszechnie metody porównywania sekwencji i wyszukiwania istotnego podobieństwa. Przegląd historyczny metod. Metody porównywania sekwencji powszechnie stosowane współcześnie. Pakiet programów BLAST do wyszukiwania podobnych sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych. Parametry programu BLAST oceniające istotność obserwowanego podobieństwa sekwencji. Znaczenie pojęć - identyczność, podobieństwo, homologia. Wartość spodziewana (expect value) i jej znaczenie w ocenie stopnia podobieństwa sekwencji i ich potencjalnego pokrewieństwa. Procedura "kar za przerwy" (gap penalties) w programach BLAST - zalety i wady procedury. przegląd istotnych kryteriów oceny istotności obserwowanego stopnia podobieństwa porównywanych sekwencji. kryterium identyczności, długość porównywanych sekwencji, rozkład pozycji identycznych wzdłuż porównywanych sekwencji, rodzaj aminokwasów obsadzających pozycje identyczne, analiza fragmentów nieidentycznych pod względem podobieństwa fizykochemicznego, statystycznego lub genetycznego. związek między stopniem identyczności, a długością porównywanych sekwencji. Problem ustalenia granicznej wartości stopnia identyczności, który można uznać za istotny wynik pod względem domniemanego pokrewieństwa sekwencji. Programy SSSS i SSSSg służące do oszacowania istotności obserwowanego podobieństwa sekwencji. wyznaczenie dystansów ewolucyjnych w oparciu o powyższe kryteria i konstruowanie molekularnych drzew filogenetycznych na ich podstawie.
Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego.
| Outcome description | Outcome symbols | Methods of verification | The class form |
Test zaliczeniowy.
Ocena końcowa to zaliczenie na ocenę uzyskaną w wyniku rozwiązania testu zaliczeniowego.
1. Baxevanis, A.D, Ouellette, B.F.F. (red.), Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.
2. Reginald H. Garret, Charles M. Grisham, Biochemistry (rozdział 6), Thomson Learning Third Edition, 2005
3. Jin Xiong, Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2011
4. Higgs Paul G., Attword Teresa K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2008.
Modified by dr Renata Grochowalska (last modification: 28-05-2018 14:02)
