SylabUZ

Wygeneruj PDF dla tej strony

PW14b - Oszacowanie istotności podobieństwa porównywanych sekwencji białkowych. Metody analizy porównawczej sekwencji - opis przedmiotu

Informacje ogólne
Nazwa przedmiotu PW14b - Oszacowanie istotności podobieństwa porównywanych sekwencji białkowych. Metody analizy porównawczej sekwencji
Kod przedmiotu 13.9-WB-Biol2P-Bio.-S16
Wydział Wydział Nauk Biologicznych
Kierunek Biologia
Profil ogólnoakademicki
Rodzaj studiów pierwszego stopnia z tyt. licencjata
Semestr rozpoczęcia semestr zimowy 2018/2019
Informacje o przedmiocie
Semestr 6
Liczba punktów ECTS do zdobycia 1
Typ przedmiotu obowiązkowy
Język nauczania polski
Sylabus opracował
  • dr hab. Jacek Leluk, prof. UZ
Formy zajęć
Forma zajęć Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) Forma zaliczenia
Wykład 15 1 9 0,6 Zaliczenie na ocenę

Cel przedmiotu

Celem przedmiotu jest zdobycie wiedzy na temat zasad oszacowania istotności obserwowanego podobieństwa porównywanych sekwencji. zapoznanie sie z różnymi metodami takiego oszacowania, weryfikacja ich przydatności i skuteczności. zapoznanie się z ważnymi kryteriami oceny istotności obserwowanego podobieństwa sekwencji. Wybór i zastosowanie odpowiedniego narzędzia do weryfikacji istotności wykrytego podobieństwa porównywanych sekwencji białkowych/nukleotydowych.

Wymagania wstępne

Obsługa komputera i internetu. Obsługa ogólnoużytkowych programów przewidzianych w programie przedmiotu "Podstawowe zastosowania komputerów". umiejętność korzystania z biologicznych baz danych. Opanowanie bioinformatycznych podstaw analizy porównawczej sekwencji biologicznych.

Zakres tematyczny

Stosowane powszechnie metody porównywania sekwencji i wyszukiwania istotnego podobieństwa. Przegląd historyczny metod. Metody porównywania sekwencji powszechnie stosowane współcześnie. Pakiet programów BLAST do wyszukiwania podobnych sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych. Parametry programu BLAST oceniające istotność obserwowanego podobieństwa sekwencji. Znaczenie pojęć - identyczność, podobieństwo, homologia. Wartość spodziewana (expect value) i jej znaczenie w ocenie stopnia podobieństwa sekwencji i ich potencjalnego pokrewieństwa. Procedura "kar za przerwy" (gap penalties) w programach BLAST - zalety i wady procedury. przegląd istotnych kryteriów oceny istotności obserwowanego stopnia podobieństwa porównywanych sekwencji. kryterium identyczności, długość porównywanych sekwencji, rozkład pozycji identycznych wzdłuż porównywanych sekwencji, rodzaj aminokwasów obsadzających pozycje identyczne, analiza fragmentów nieidentycznych pod względem podobieństwa fizykochemicznego, statystycznego lub genetycznego. związek między stopniem identyczności, a długością porównywanych sekwencji. Problem ustalenia granicznej wartości stopnia identyczności, który można uznać za istotny wynik pod względem domniemanego pokrewieństwa sekwencji. Programy SSSS i SSSSg służące do oszacowania istotności obserwowanego podobieństwa sekwencji. wyznaczenie dystansów ewolucyjnych w oparciu o powyższe kryteria i konstruowanie molekularnych drzew filogenetycznych na ich podstawie.

Metody kształcenia

Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego.

Efekty kształcenia i metody weryfikacji osiągania efektów kształcenia

Opis efektu Symbole efektów Metody weryfikacji Forma zajęć

Warunki zaliczenia

 Test zaliczeniowy.

Ocena końcowa to zaliczenie na ocenę uzyskaną w wyniku rozwiązania testu zaliczeniowego.

Obciążenie pracą

Obciążenie pracą Studia stacjonarne
(w godz.)
Studia niestacjonarne
(w godz.)
Godziny kontaktowe (udział w zajęciach; konsultacjach; egzaminie, itp.) 20 10
Samodzielna praca studenta (przygotowanie do: zajęć, kolokwium, egzaminu; studiowanie literatury przygotowanie: pracy pisemnej, projektu, prezentacji, raportu, wystąpienia; itp.) 5 15
Łącznie 25 25
Punkty ECTS Studia stacjonarne Studia niestacjonarne
Zajęcia z udziałem nauczyciela akademickiego 1 0
Zajęcia bez udziału nauczyciela akademickiego 0 1
Łącznie 1 1

Literatura podstawowa

1. Baxevanis, A.D, Ouellette, B.F.F. (red.),  Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.

2. Reginald H. Garret, Charles M. Grisham,  Biochemistry (rozdział 6), Thomson Learning Third Edition, 2005

3. Jin Xiong, Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2011

4. Higgs Paul G., Attword Teresa K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2008.

Literatura uzupełniająca

Uwagi


Zmodyfikowane przez dr Renata Grochowalska (ostatnia modyfikacja: 28-05-2018 14:02)