PW15b - Statystyczne i niestatystyczne metody analizy porównawczej białek - opis przedmiotu

Informacje ogólne

Nazwa przedmiotu	PW15b - Statystyczne i niestatystyczne metody analizy porównawczej białek
Kod przedmiotu	13.9-WB-Biol2P-Biolog.-S16
Wydział	Wydział Nauk Ścisłych i Przyrodniczych
Kierunek	Biologia
Profil	ogólnoakademicki
Rodzaj studiów	pierwszego stopnia z tyt. licencjata
Semestr rozpoczęcia	semestr zimowy 2018/2019

Informacje o przedmiocie

Semestr	6
Liczba punktów ECTS do zdobycia	2
Typ przedmiotu	obowiązkowy
Język nauczania	polski
Sylabus opracował	dr hab. Jacek Leluk, prof. UZ

Formy zajęć

Forma zajęć	Liczba godzin w semestrze (stacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne)	Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne)	Forma zaliczenia
Laboratorium	15	1	9	0,6	Zaliczenie na ocenę
Wykład/Zdalne	15	1	9	0,6	Zaliczenie na ocenę

Cel przedmiotu

Celem przedmiotu jest zapoznanie sie ze statystycznymi i niestatystycznymi metodami analizy porównawczej białek. Porównanie skuteczności i wiarygodności obu rodzajów metod. Szczegółowe zapoznanie się z powszechnie stosowanymi metodami analizy porównawczej opartymi o stochastyczne macierze PAM i BLOSUM, oraz z algorytmem semihomologii genetycznej jako przykładu aplikacji niestatystycznej. Wady i zalety przedstawionych aplikacji.

Wymagania wstępne

Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego.

Zakres tematyczny

Charakterystyka podstawowych założeń statystycznych aplikacji służących do analizy porównawczej sekwencji białkowych. Konsekwencje stosowania aplikacji opartych na macierzach PAM i BLOSUM w interpretacji procesów zmienności mutacyjnej na poziomie fenotypowym białek. Algorytm semihomologii genetycznej - jako przykład alternatywnej niestatystyczne aplikacji do analizy porównawczej białek. Charakterystyka algorytmu semihomologii genetycznej i jego fundamentalnych założeń. Informacje jakie można uzyskać w wyniku zastosowania aplikacji statystycznych i niestatystycznych. Wartość poznawcza poszczególnych aplikacji. Wiarygodność otrzymywanych wyników.

Metody kształcenia

Efekty uczenia się i metody weryfikacji osiągania efektów uczenia się

Opis efektu	Symbole efektów	Metody weryfikacji	Forma zajęć

Warunki zaliczenia

Test zaliczeniowy.

Ocena końcowa to zaliczenie na ocenę uzyskaną w wyniku rozwiązania testu zaliczeniowego.

Literatura podstawowa

1. Baxevanis, A.D, Ouellette, B.F.F. (red.), Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.

2. Jin Xiong, Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2011

3. Higgs Paul G., Attword Teresa K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2008.

Literatura uzupełniająca

Uwagi

Zmodyfikowane przez dr Renata Grochowalska (ostatnia modyfikacja: 13-06-2018 19:41)