Elements of bioinformatics - opis przedmiotu

Informacje ogólne

Nazwa przedmiotu	Elements of bioinformatics
Kod przedmiotu	13.1-WF-FizD-EB-S17
Wydział	Wydział Fizyki i Astronomii
Kierunek	Fizyka
Profil	ogólnoakademicki
Rodzaj studiów	drugiego stopnia z tyt. magistra
Semestr rozpoczęcia	semestr zimowy 2019/2020

Informacje o przedmiocie

Semestr	3
Liczba punktów ECTS do zdobycia	4
Występuje w specjalnościach	Fizyka medyczna
Typ przedmiotu	obowiązkowy
Język nauczania	angielski
Sylabus opracował

Formy zajęć

Forma zajęć	Liczba godzin w semestrze (stacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne)	Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne)	Forma zaliczenia
Wykład	15	1	-	-	Egzamin
Laboratorium	30	2	-	-	Zaliczenie na ocenę

Cel przedmiotu

To familiarize the student with the theoretical, computational and practical elements of bioinformatics. Preparation for work at a bioinformatics laboratory either in a medical healthcare center or a research facility.

Wymagania wstępne

Knowledge of the elements of probability theory, programming and mathematical methods of bioinformatics. The ability to programi in either Python or R

Zakres tematyczny

Fundamentals of genes and genomes.
Fundamentals of molecular evolution
Genomic technologies
Data, databases, formats, search and retrieval / genome browsers
Large volume data analysis in bioinformatics / big data in bioinformatics
Sequencie alignment and similarity search
Sequencing
Microarrays analysis
Protein structure

In the laboratory the students will carry out programming exercises covering the above topics in the Python or R programming languages.

Metody kształcenia

Lectures on problems and discussions. Laboratory, programming asignments and projects.

Efekty uczenia się i metody weryfikacji osiągania efektów uczenia się

Opis efektu	Symbole efektów	Metody weryfikacji	Forma zajęć

Warunki zaliczenia

LECTURE: A course credit for the lectures is obtained by taking a final exam composed of tasks of varying degrees of difficulty.

Laboratory: During the laboratory the students will be given a series of open-ended projects covering the lectures.

Overall rating: 40% the result of the exam and 60% of the grades achieved for the laboratory projects.

Literatura podstawowa

[1] Supratim Choudhuri, Bioinformatics for Beginners: Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools,

[2] Phillip Compeau and Pavel Pevzner, Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach, 2nd Ed

Literatura uzupełniająca

Uwagi

Zmodyfikowane przez dr hab. Maria Przybylska, prof. UZ (ostatnia modyfikacja: 30-04-2020 22:38)