SylabUZ
| Course name | Applications of bioinformatics |
| Course ID | 13.9-WB-BTD-Z_B-S18 |
| Faculty | Faculty of Exact and Natural Sciences |
| Field of study | biotechnology / Mikrobioanalityka w biotechnologii |
| Education profile | academic |
| Level of studies | Second-cycle studies leading to MS degree |
| Beginning semester | winter term 2020/2021 |
| Semester | 1 |
| ECTS credits to win | 4 |
| Course type | obligatory |
| Teaching language | polish |
| Author of syllabus |
|
| The class form | Hours per semester (full-time) | Hours per week (full-time) | Hours per semester (part-time) | Hours per week (part-time) | Form of assignment |
| Lecture | 15 | 1 | - | - | Credit with grade |
| Laboratory | 25 | 1,67 | - | - | Credit with grade |
Poznanie bioinformatycznych metod badawczych, bioinformatycznych baz danych/serwisów internetowych oraz biologicznych baz literaturowych.
Poznanie wybranych aplikacji bioinformatycznych oraz ich zastosowań.
Obsługa komputera i Internetu.
Wykład:
Bioinformatyczne bazy danych/serwisy internetowe. Analiza ewolucji organizmów oraz atraktory organizmów. Dystanse ewolucyjne. Drzewa
filogenetyczne oraz algorytmy ich tworzenia. Wzajemne dopasowanie sekwencji. Macierz kropkowa (dot-matrix) 2D i nD. Metody czyszczenia
dot-matrix. Szacowanie istotności podobieństwa porównywanych sekwencji. Współczynnik Pan i jego zastosowanie. Semihomologia genetyczna. Detekcja
insercji, delecji oraz typów semihomologii. Określanie reprezentantów. Modelowanie i analiza struktur białek. Analiza rozwoju nowotworów.
Metody o funkcjonalności bioinformatycznej i ich implementacja.
Laboratorium
Tematyka praktycznych ćwiczeń laboratoryjnych nawiązująca oraz
utrwalająca wiedzę z wykładów:
- analiza ewolucji organizmów w tym organizmów o znaczeniu przemysłowym,
- zastosowanie dot-matrix,
- modelowanie i analiza struktur białek,
- implementacja metod o funkcjonalności bioinformatycznej.
Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego.
| Outcome description | Outcome symbols | Methods of verification | The class form |
Wykład - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnej oceny z końcowego eseju bioinformatycznego
Laboratorium - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnych ocen ze wszystkich ćwiczeń laboratoryjnych, przewidzianych do realizacji w ramach programu laboratorium
1. Baxevanis A.D, Ouellette B.F.F. (red.), Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.
2. Berg J.M, Tymoczko J.L., Stryer L., Biochemia, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2005.
3. Hall B.G., Łatwe drzewa filogenetyczne - poradnik użytkownika, Warszawa 2008.
4. Higgs P.G., Attword T.K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2011.
5. Xiong J., Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2011.
Modified by dr Andrzej Jurkowski (last modification: 17-09-2020 00:11)
