SylabUZ

Generate PDF for this page

Applications of bioinformatics - course description

General information
Course name Applications of bioinformatics
Course ID 13.9-WB-BTD-Z_B-S18
Faculty Faculty of Exact and Natural Sciences
Field of study biotechnology / Mikrobioanalityka w biotechnologii
Education profile academic
Level of studies Second-cycle studies leading to MS degree
Beginning semester winter term 2020/2021
Course information
Semester 1
ECTS credits to win 4
Course type obligatory
Teaching language polish
Author of syllabus
  • dr hab. inż. Andrzej Kasperski, prof. UZ
Classes forms
The class form Hours per semester (full-time) Hours per week (full-time) Hours per semester (part-time) Hours per week (part-time) Form of assignment
Lecture 15 1 - - Credit with grade
Laboratory 25 1,67 - - Credit with grade

Aim of the course

Poznanie bioinformatycznych metod badawczych, bioinformatycznych baz danych/serwisów internetowych oraz biologicznych baz literaturowych.
Poznanie wybranych aplikacji bioinformatycznych oraz ich zastosowań.

Prerequisites

Obsługa komputera i Internetu.

Scope

Wykład:

Bioinformatyczne bazy danych/serwisy internetowe. Analiza ewolucji organizmów oraz atraktory organizmów. Dystanse ewolucyjne. Drzewa
filogenetyczne oraz algorytmy ich tworzenia. Wzajemne dopasowanie sekwencji. Macierz kropkowa (dot-matrix) 2D i nD. Metody czyszczenia
dot-matrix. Szacowanie istotności podobieństwa porównywanych sekwencji. Współczynnik Pan i jego zastosowanie. Semihomologia genetyczna. Detekcja
insercji, delecji oraz typów semihomologii. Określanie reprezentantów. Modelowanie i analiza struktur białek. Analiza rozwoju nowotworów.
Metody o funkcjonalności bioinformatycznej i ich implementacja.

Laboratorium
Tematyka praktycznych ćwiczeń laboratoryjnych nawiązująca oraz
utrwalająca wiedzę z wykładów:
- analiza ewolucji organizmów w tym organizmów o znaczeniu przemysłowym,
- zastosowanie dot-matrix,
- modelowanie i analiza struktur białek,
- implementacja metod o funkcjonalności bioinformatycznej.

Teaching methods

Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. 

Learning outcomes and methods of theirs verification

Outcome description Outcome symbols Methods of verification The class form

Assignment conditions

Wykład - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnej oceny z końcowego eseju bioinformatycznego

Laboratorium - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnych ocen ze wszystkich ćwiczeń laboratoryjnych, przewidzianych do realizacji w ramach programu laboratorium

Recommended reading

1. Baxevanis A.D, Ouellette B.F.F. (red.), Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.
2. Berg J.M, Tymoczko J.L., Stryer L., Biochemia, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2005.
3. Hall B.G., Łatwe drzewa filogenetyczne - poradnik użytkownika, Warszawa 2008.
4. Higgs P.G., Attword T.K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2011.
5. Xiong J., Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2011.

Further reading

Notes


Modified by dr Andrzej Jurkowski (last modification: 17-09-2020 00:11)