Zastosowania bioinformatyki - opis przedmiotu

Informacje ogólne

Nazwa przedmiotu	Zastosowania bioinformatyki
Kod przedmiotu	13.9-WB-BTD-Z_B-S18
Wydział	Wydział Nauk Biologicznych
Kierunek	Biotechnologia / Mikrobioanalityka w biotechnologii
Profil	ogólnoakademicki
Rodzaj studiów	drugiego stopnia z tyt. magistra
Semestr rozpoczęcia	semestr zimowy 2020/2021

Informacje o przedmiocie

Semestr	1
Liczba punktów ECTS do zdobycia	4
Typ przedmiotu	obowiązkowy
Język nauczania	polski
Sylabus opracował	dr hab. inż. Andrzej Kasperski, prof. UZ

Formy zajęć

Forma zajęć	Liczba godzin w semestrze (stacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne)	Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne)	Forma zaliczenia
Wykład	15	1	-	-	Zaliczenie na ocenę
Laboratorium	25	1,67	-	-	Zaliczenie na ocenę

Cel przedmiotu

Poznanie bioinformatycznych metod badawczych, bioinformatycznych baz danych/serwisów internetowych oraz biologicznych baz literaturowych.
Poznanie wybranych aplikacji bioinformatycznych oraz ich zastosowań.

Wymagania wstępne

Obsługa komputera i Internetu.

Zakres tematyczny

Wykład:

Bioinformatyczne bazy danych/serwisy internetowe. Analiza ewolucji organizmów oraz atraktory organizmów. Dystanse ewolucyjne. Drzewa
filogenetyczne oraz algorytmy ich tworzenia. Wzajemne dopasowanie sekwencji. Macierz kropkowa (dot-matrix) 2D i nD. Metody czyszczenia
dot-matrix. Szacowanie istotności podobieństwa porównywanych sekwencji. Współczynnik Pan i jego zastosowanie. Semihomologia genetyczna. Detekcja
insercji, delecji oraz typów semihomologii. Określanie reprezentantów. Modelowanie i analiza struktur białek. Analiza rozwoju nowotworów.
Metody o funkcjonalności bioinformatycznej i ich implementacja.

Laboratorium
Tematyka praktycznych ćwiczeń laboratoryjnych nawiązująca oraz
utrwalająca wiedzę z wykładów:
- analiza ewolucji organizmów w tym organizmów o znaczeniu przemysłowym,
- zastosowanie dot-matrix,
- modelowanie i analiza struktur białek,
- implementacja metod o funkcjonalności bioinformatycznej.

Metody kształcenia

Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego.

Efekty kształcenia i metody weryfikacji osiągania efektów kształcenia

Opis efektu	Symbole efektów	Metody weryfikacji	Forma zajęć

Warunki zaliczenia

Wykład - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnej oceny z końcowego eseju bioinformatycznego

Laboratorium - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnych ocen ze wszystkich ćwiczeń laboratoryjnych, przewidzianych do realizacji w ramach programu laboratorium

Obciążenie pracą

Obciążenie pracą	Studia stacjonarne (w godz.)	Studia niestacjonarne (w godz.)
Godziny kontaktowe (udział w zajęciach; konsultacjach; egzaminie, itp.)	50	-
Samodzielna praca studenta (przygotowanie do: zajęć, kolokwium, egzaminu; studiowanie literatury przygotowanie: pracy pisemnej, projektu, prezentacji, raportu, wystąpienia; itp.)	50	-
Łącznie	100	-
Punkty ECTS	Studia stacjonarne	Studia niestacjonarne
Zajęcia z udziałem nauczyciela akademickiego	2	-
Zajęcia bez udziału nauczyciela akademickiego	2	-
Łącznie	4	-

Literatura podstawowa

1. Baxevanis A.D, Ouellette B.F.F. (red.), Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.
2. Berg J.M, Tymoczko J.L., Stryer L., Biochemia, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2005.
3. Hall B.G., Łatwe drzewa filogenetyczne - poradnik użytkownika, Warszawa 2008.
4. Higgs P.G., Attword T.K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2011.
5. Xiong J., Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2011.

Literatura uzupełniająca

Uwagi

Zmodyfikowane przez dr Andrzej Jurkowski (ostatnia modyfikacja: 17-09-2020 00:11)