Bioinformatyka - opis przedmiotu

Informacje ogólne

Nazwa przedmiotu	Bioinformatyka
Kod przedmiotu	13.9-WB-BMD-Bioinf-L-S14_pNadGenK87YO
Wydział	Wydział Nauk Biologicznych
Kierunek	Biologia / Biologia molekularna
Profil	ogólnoakademicki
Rodzaj studiów	drugiego stopnia z tyt. magistra
Semestr rozpoczęcia	semestr zimowy 2022/2023

Informacje o przedmiocie

Semestr	4
Liczba punktów ECTS do zdobycia	5
Typ przedmiotu	obowiązkowy
Język nauczania	polski
Sylabus opracował	dr hab. inż. Andrzej Kasperski, prof. UZ

Formy zajęć

Forma zajęć	Liczba godzin w semestrze (stacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne)	Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne)	Forma zaliczenia
Laboratorium	30	2	-	-	Zaliczenie na ocenę
Wykład	15	1	-	-	Egzamin

Cel przedmiotu

Poznanie bioinformatycznych metod badawczych, bioinformatycznych baz danych/serwisów internetowych oraz biologicznych baz literaturowych.
Poznanie wybranych aplikacji bioinformatycznych, ich zastosowań oraz sposobów implementacji metod o funkcjonalności bioinformatycznej.

Wymagania wstępne

Obsługa komputera i Internetu.

Zakres tematyczny

Wykład: Bioinformatyczne bazy danych/serwisy internetowe. Wzajemne dopasowanie sekwencji. Macierz kropkowa (dot-matrix) 2D i nD. Metody czyszczenia dot-matrix. Istotność podobieństwa. Współczynnik Pan i jego zastosowanie. Semihomologia genetyczna. Detekcja insercji, delecji oraz typów semihomologii. Określanie reprezentantów. Modelowanie i analiza struktur białek. Ogólny podział metod służących do identyfikacji sekwencji kodujących w genomie. Analiza rozwoju nowotworów. Język Java oraz jego bioinformatyczne zastosowania. Definiowanie klas o funkcjonalności bioinformatycznej oraz implementacja metod bioinformatycznych. Wybrane metody bioinformatyczne w Pythonie.

Laboratorium: Wybrane zastosowania dot-matrix, modelowanie i analiza struktur białek, implementacja metod o funkcjonalności bioinformatycznej.

Metody kształcenia

Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego.

Efekty uczenia się i metody weryfikacji osiągania efektów uczenia się

Opis efektu	Symbole efektów	Metody weryfikacji	Forma zajęć

Warunki zaliczenia

Wykład - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnej oceny z końcowego eseju bioinformatycznego jako pracy pisemnej.

Laboratorium - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnych ocen ze wszystkich ćwiczeń laboratoryjnych przewidzianych do realizacji w ramach programu laboratorium.

Literatura podstawowa

1. Baxevanis A.D, Ouellette B.F.F. (red.), Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.
2. Berg J.M, Tymoczko J.L., Stryer L., Biochemia, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2005.
3. Darwin I.F., Java. Receptury, Helion, 2003.
4. Higgs P.G., Attword T.K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2011.
5. Xiong J., Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2011.

Literatura uzupełniająca

Severance C.R., Python dla wszystkich, Wydawca: Andrzej Wójtowicz, 2021.

Uwagi

Zmodyfikowane przez dr hab. inż. Andrzej Kasperski, prof. UZ (ostatnia modyfikacja: 25-04-2022 16:20)