SylabUZ
| Course name | Biological databases |
| Course ID | 13.9-WB-BTP-biol_ba-S18 |
| Faculty | Faculty of Biological Sciences |
| Field of study | Biotechnology |
| Education profile | academic |
| Level of studies | First-cycle studies leading to Bachelor's degree |
| Beginning semester | winter term 2018/2019 |
| Semester | 3 |
| ECTS credits to win | 2 |
| Course type | obligatory |
| Teaching language | polish |
| Author of syllabus |
|
| The class form | Hours per semester (full-time) | Hours per week (full-time) | Hours per semester (part-time) | Hours per week (part-time) | Form of assignment |
| Lecture | 15 | 1 | - | - | Credit with grade |
| Laboratory | 15 | 1 | - | - | Credit with grade |
Prezentacja najważniejszych, rozwijających się biologicznych baz danych, różnice w ich konstrukcji, metodach wyszukiwania i zasobach. Idee konstrukcji i możliwości metabaz. Rejestr baz i ich aktualizacje. Po ukończeniu przedmiotu student powinien posiadać zdolność samodzielnego wyszukiwania danych w bazach bioinformatycznych, analizowania ich oraz prawidłowej interpretacji uzyskanych wyników.
Znajomość zagadnień z zakresu biochemii, genetyki i biologii komórki.Umiejętność obsługi komputera oraz korzystania z programów komputerowych i źródeł internetowych.
Cele Bioinformatyki i tworzenia biologicznych baz danych. Bazy pierwszo- i drugorzędowe, metabazy, specjalistyczne (tematyczne) bazy danych. Indeks biologicznych baz danych. Źródła i i rodzaje danych biologicznych. Struktura rekordów. Przeszukiwanie i pobieranie informacji z biologicznych baz danych, stosowane narzędzia przeglądania i pobierania danych. Bazy sekwencji DNA (GenBank,EMBL, DDBJ), bazy sekwencji białkowych (UniProt, ExPASy, Swiss -Prot), bazy strukturalne (Protein Data Bank), bazy bibliograficzne (PubMed, PubMed Central, BookShelf). Przykłady baz wtórnych i specjalistycznych.
Wykład,konsultacje,laboratoria: ćwiczenia z wykorzystaniem programów komputerowych i zasobów internetowych baz danych.
| Outcome description | Outcome symbols | Methods of verification | The class form |
Wykład – pozytywna ocena z zaliczenia materiału wykładowego. Test zaliczeniowy to test praktycznych umiejętności, zawiera 20 zadań których realizacja wymaga odpowiedniego wyboru zasobów danych, prawidłowego postępowania analitycznego oraz dodatkowo 20 pytań zamkniętych, czas trwania zaliczenia 60 minut. Pozytywną ocenę uzyskuje student po udzieleniu 50 % poprawnych odpowiedzi. Laboratorium komputerowe - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnych ocen z przygotowania trzech sprawozdań pisemnych i jednej prezentacji multimedialnej – ocena pozytywna powyżej 50 % punktów możliwych do uzyskania. Ocena końcowa to średnia arytmetyczna ocen cząstkowych (po 50% z części wykładowej i laboratoryjnej).
1.Xiong J. 2009.Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa
2. https://doi.org/10.1016/j.gpb.2015.01.006
3. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/4/
4. http://www.ncbi.nlm.nih.gov
5. http://www.embl.de/
6. http://www.ddbj.nig.ac.jp
1. Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), 2004.Bioinformatyka.Podręcznik do analizy genów i białek. PWN,Warszawa.
2. Higgs P.W., Attwood T.K.2008.Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa.
Modified by dr Elżbieta Heger (last modification: 21-05-2018 11:14)
