SylabUZ
Nazwa przedmiotu | Biomedyczne bazy danych |
Kod przedmiotu | 13.1-WB-Biol2P-Biom-S19 |
Wydział | Wydział Nauk Biologicznych |
Kierunek | Biologia |
Profil | ogólnoakademicki |
Rodzaj studiów | pierwszego stopnia z tyt. licencjata |
Semestr rozpoczęcia | semestr zimowy 2020/2021 |
Semestr | 4 |
Liczba punktów ECTS do zdobycia | 2 |
Typ przedmiotu | obowiązkowy |
Język nauczania | polski |
Sylabus opracował |
|
Forma zajęć | Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) | Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) | Forma zaliczenia |
Laboratorium | 30 | 2 | - | - | Zaliczenie na ocenę |
Celem przedmiotu jest prezentacja najważniejszych, współcześnie rozwijających się biologicznych baz danych ze szczególnym uwzględnieniem baz z zakresu danych biomedycznych, praktycznego wykorzystania ich potencjału w analizach in silico, planowaniu zadań eksperymentalnych czy analizie porównawczej przypadków patologii molekularnych.
Znajomość zagadnień z zakresu biochemii, genetyki i biologii komórki.Umiejętność obsługi komputera oraz korzystania z programów komputerowych i źródeł internetowych.
Laboratorium komputerowe
1. Indeks biologicznych baz danych. Źródła i i rodzaje danych biologicznych i danych do analiz i symulacji biomedycznych.
2. Rejestry BBD i ich aktualizacje. Analiza źródeł finansowania, nadzoru i metod weryfikacji zasobów dla wybranych przykładów baz.
3. Przykłady baz źródłowych i zasobów pierwotnych. Analiza dynamiki rozwoju poszczególnych typów zasobów.
4. Przykłady baz wtórnych, konstrukcja metabaz i baz specjalistycznych.
5. Struktura bazy The National Center for Biotechnology Information (NCBI).
6. Bazy sekwencji DNA (GenBank,EMBL, DDBJ i in.),
7. Bazy sekwencji i struktur białkowych (UniProt, ExPASy, Swiss -Prot, Protein Data Bank, BRENDA i in.)
8. Bazy bibliograficzne (PubMed, PubMed Central, BookShelf i in.).
9. Analiza wybranych zasobów biomedycznych w bazach danych.
Laboratorium komputerowe: ćwiczenia z wykorzystaniem programów komputerowych i zasobów internetowych baz danych. Konsultacje indywidualne.
Opis efektu | Symbole efektów | Metody weryfikacji | Forma zajęć |
Laboratorium komputerowe: warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnych ocen z testu końcowego (ocena pozytywna powyżej 50 % punktów możliwych do uzyskania), przygotowania zaplanowanych sprawozdań pisemnych i jednej prezentacji multimedialnej. Test zaliczeniowy to test praktycznych umiejętności, zawiera 20 zadań których realizacja wymaga odpowiedniego wyboru zasobów danych, prawidłowego postępowania analitycznego i wysunięcia wniosków. Czas trwania zaliczenia 60 minut. Pozytywną ocenę uzyskuje student po udzieleniu 50 % poprawnych odpowiedzi.
1. Xiong J. 2009.Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa
2. https://doi.org/10.1016/j.gpb.2015.01.006
3. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/4/
4. http://www.ncbi.nlm.nih.gov
5. http://www.embl.de/
6. http://www.ddbj.nig.ac.jp
1. Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), 2004.Bioinformatyka.Podręcznik do analizy genów i białek. PWN,Warszawa.
2. Higgs P.W., Attwood T.K.2008.Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa.
Zmodyfikowane przez dr Renata Grochowalska (ostatnia modyfikacja: 24-04-2020 11:30)