SylabUZ
| Course name | Bioinformatics |
| Course ID | 13.9-WB-BMD-Bioinf-L-S14_pNadGenK87YO |
| Faculty | Faculty of Biological Sciences |
| Field of study | Biology / Biologia molekularna |
| Education profile | academic |
| Level of studies | Second-cycle studies leading to MS degree |
| Beginning semester | winter term 2021/2022 |
| Semester | 4 |
| ECTS credits to win | 5 |
| Course type | obligatory |
| Teaching language | polish |
| Author of syllabus |
|
| The class form | Hours per semester (full-time) | Hours per week (full-time) | Hours per semester (part-time) | Hours per week (part-time) | Form of assignment |
| Laboratory | 30 | 2 | - | - | Credit with grade |
| Lecture | 15 | 1 | - | - | Exam |
Poznanie bioinformatycznych metod badawczych, bioinformatycznych baz danych/serwisów internetowych oraz biologicznych baz literaturowych.
Poznanie wybranych aplikacji bioinformatycznych, ich zastosowań orazsposobów implementacji metod o funkcjonalności bioinformatycznej.
Obsługa komputera i internetu.
Wykład: Bioinformatyczne bazy danych/serwisy internetowe. Wzajemne dopasowanie sekwencji. Macierz kropkowa (dot-matrix) 2D i nD. Metody czyszczenia
dot-matrix. Istotność podobieństwa. Współczynnik Pan i jego zastosowanie. Semihomologia genetyczna. Detekcja insercji, delecji oraz typów semihomologii. Określanie reprezentantów. Modelowanie i analiza struktur białek. Analiza rozwoju nowotworów. Język Java oraz jego bioinformatyczne zastosowania. Definiowanie klas o funkcjonalności
bioinformatycznej oraz implementacja metod bioinformatycznych. Wybrane metody bioinformatyczne w Pythonie.
Laboratorium: Wybrane zastosowania dot-matrix, modelowanie i analiza struktur białek, implementacja metod o funkcjonalności bioinformatycznej.
Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego.
| Outcome description | Outcome symbols | Methods of verification | The class form |
Wykład - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnej oceny z końcowego eseju bioinformatycznego
Laboratorium - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnych ocen ze wszystkich ćwiczeń laboratoryjnych, przewidzianych do realizacji w ramach programu laboratorium
Literatura podstawowa
1. Baxevanis A.D, Ouellette B.F.F. (red.), Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.
2. Berg J.M, Tymoczko J.L., Stryer L., Biochemia, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2005.
3. Darwin I.F., Java. Receptury, Helion, 2003.
4. Higgs P.G., Attword T.K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2011.
5. Xiong J., Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2011.
Modified by dr Renata Grochowalska (last modification: 07-04-2021 15:20)
