SylabUZ
| Course name | Biological databases |
| Course ID | 13.9-WB-BTP-biol_ba-S19 |
| Faculty | Faculty of Biological Sciences |
| Field of study | Biotechnology |
| Education profile | academic |
| Level of studies | First-cycle studies leading to Bachelor's degree |
| Beginning semester | winter term 2021/2022 |
| Semester | 3 |
| ECTS credits to win | 2 |
| Course type | obligatory |
| Teaching language | polish |
| Author of syllabus |
|
| The class form | Hours per semester (full-time) | Hours per week (full-time) | Hours per semester (part-time) | Hours per week (part-time) | Form of assignment |
| Laboratory | 15 | 1 | - | - | Credit with grade |
| Lecture | 15 | 1 | - | - | Credit with grade |
Celem przedmiotu jest prezentacja najważniejszych, współcześnie rozwijających się biologicznych baz danych ze szczególnym uwzględnieniem baz z zakresu danych biotechnologicznych, praktycznego wykorzystania ich potencjału w analizach in silico, planowaniu zadań eksperymentalnych czy analizie porównawczej przypadków patologii molekularnych.
Znajomość zagadnień z zakresu biochemii, genetyki i biologii komórki.Umiejętność obsługi komputera oraz korzystania z programów komputerowych i źródeł internetowych.
Wykład
1. Indeks biologicznych baz danych. Źródła i rodzaje danych biologicznych. Dane do analiz i symulacji w biotechnologii.
2. Rejestry BBD i ich aktualizacje. Analiza źródeł finansowania, nadzoru i metod weryfikacji zasobów dla wybranych przykładów baz.
3. Dane źródłowe, zasoby pierwotne i wtórne. Dynamika rozwoju poszczególnych typów zasobów.
4. Przykłady baz wtórnych, konstrukcja metabaz i baz specjalistycznych.
5. Struktura bazy The National Center for Biotechnology Information (NCBI).
6. Formaty danych i przykłady struktur rekordów wyszukiwania.
7. Projekty analiz biologicznych.
Laboratorium komputerowe
1. Bazy sekwencji DNA (GenBank,EMBL, DDBJ i in.),
2. Bazy sekwencji i struktur białkowych (UniProt, ExPASy, Swiss -Prot, Protein Data Bank, BRENDA i in.)
3. Wybrane przykłady narzędzi bioinformatycznych stosowanych w analizach zasobów danych.
4. Bazy bibliograficzne (PubMed, PubMed Central, BookShelf i in.).
5. Analiza wybranych zasobów, ważnych z punktu widzenia planowania i analiz w biotechnologii.
Wykład: forma podająca, prezentacje multimedialne, wsparte rycinami i krótkimi filmami instruktażowymi, przykłady zastosowań i rozwiązywania problemów.
Laboratorium komputerowe: ćwiczenia z wykorzystaniem programów komputerowych i zasobów internetowych baz danych. Wyszukiwanie, konstrukcja haseł wyszukiwania, struktura wyników, analizarekordów. Konsultacje indywidualne.
| Outcome description | Outcome symbols | Methods of verification | The class form |
Wykład: warunkiem zaliczenia jest obecność na zajęciach oraz pozytywna ocena prezentacji multimedialnej dla wskazanego zagadnienia problemowego.
Laboratorium komputerowe: warunkiem zaliczenia przygotowanie zaplanowanych sprawozdań pisemnych, prezentacji multimedialnej oraz uzyskanie pozytywnej oceny z testu końcowego (ocena pozytywna powyżej 60 % punktów możliwych do uzyskania), Test końcowy, zaliczeniowy to test praktycznych umiejętności, zawiera 15 zadań których realizacja wymaga odpowiedniego wyboru zasobów danych lub narzędzia analitycznego, prawidłowego postępowania analitycznego i wysunięcia wniosków. Czas trwania zaliczenia 60 minut. Pozytywną ocenę uzyskuje student po udzieleniu 60 % poprawnych odpowiedzi.
1. Xiong J. 2009.Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa
2. https://doi.org/10.1016/j.gpb.2015.01.006
3. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/4/
4. http://www.ncbi.nlm.nih.gov
5. http://www.embl.de/
6. http://www.ddbj.nig.ac.jp
1. Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), 2004.Bioinformatyka.Podręcznik do analizy genów i białek. PWN,Warszawa.
2. Higgs P.W., Attwood T.K.2008.Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa.
Modified by dr Elżbieta Heger (last modification: 26-04-2021 10:27)
