SylabUZ

Wygeneruj PDF dla tej strony

PW15a - Zastosowanie modelu Markowa w różnych dziedzinach bioinformatyki - opis przedmiotu

Informacje ogólne
Nazwa przedmiotu PW15a - Zastosowanie modelu Markowa w różnych dziedzinach bioinformatyki
Kod przedmiotu 13.9-WB-Biol2P-Biolo.-S16
Wydział Wydział Nauk Biologicznych
Kierunek Biologia
Profil ogólnoakademicki
Rodzaj studiów pierwszego stopnia z tyt. licencjata
Semestr rozpoczęcia semestr zimowy 2018/2019
Informacje o przedmiocie
Semestr 6
Liczba punktów ECTS do zdobycia 2
Typ przedmiotu obowiązkowy
Język nauczania polski
Sylabus opracował
  • dr hab. Jacek Leluk, prof. UZ
Formy zajęć
Forma zajęć Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) Forma zaliczenia
Laboratorium 15 1 9 0,6 Zaliczenie na ocenę
Wykład/Zdalne 15 1 9 0,6 Zaliczenie na ocenę

Cel przedmiotu

Celem przedmiotu jest zapoznanie sie z zastosowaniem stochastycznych łańcuchów Markowa w różnych dziedzinach biologii molekularnej ze szczególnym uwzględnieniem teoretycznej analizy w bioinformatyce. ważnym celem jest umiejętność oceny czy zastosowanie moedelu Markowa do opisania danego procesu jest podejściem właściwym i i czy odzwierciedla naturę tego procesu.

Wymagania wstępne

Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego.

Zakres tematyczny

Charaktyrystyka podstawowych założeń modelu Markowa. Znaczenie i wpływ przemian zaszłych w przeszłości na prawdopodobieństwo kolejnych przemian mutacyjnych.  Przykłady procesów markowowskich i niemarkowowskich. Wykorzystanie modeli Markowa do identyfikacji i lokalizacji sekwencji kodujących w genomie, jako przykład właściwego zastosowania tego modelu. Błędne stosowanie modelu Markowa oraz stochastycznych macierzy PAM i BLOSUM w procesach zmienności mutacyjnej na poziomie fenotypowym białek. znaczenie przemian, które miały miejsce w przeszłości na prawdopodobieństwo dalszych przemian mutacyjnych w określonym kierunku. Wpływ historycznych przemian mutacyjnych na spektrum zmienności aminokwasu w dalszych możliwych przemianach. Określenie jaką część kodu genetycznego stanowi zapis o historii dawniejszych przemian i po ilu mutacjach ten zapis zanika. Wykorzystanie niemarkowowskiego modelu do opisu prawdopodobeństwa przemian mutacyjnych w białkach - i jego skuteczność. Algorytm semihomologii genetycznej.

Metody kształcenia

Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Korzystanie z materiału zdalnego nauczania (e-learning)

Efekty kształcenia i metody weryfikacji osiągania efektów kształcenia

Opis efektu Symbole efektów Metody weryfikacji Forma zajęć

Warunki zaliczenia

 Test zaliczeniowy.

Ocena końcowa to zaliczenie na ocenę uzyskaną w wyniku rozwiązania testu zaliczeniowego.

Obciążenie pracą

Obciążenie pracą Studia stacjonarne
(w godz.)
Studia niestacjonarne
(w godz.)
Godziny kontaktowe (udział w zajęciach; konsultacjach; egzaminie, itp.) 35 20
Samodzielna praca studenta (przygotowanie do: zajęć, kolokwium, egzaminu; studiowanie literatury przygotowanie: pracy pisemnej, projektu, prezentacji, raportu, wystąpienia; itp.) 15 30
Łącznie 50 50
Punkty ECTS Studia stacjonarne Studia niestacjonarne
Zajęcia z udziałem nauczyciela akademickiego 1 1
Zajęcia bez udziału nauczyciela akademickiego 1 1
Łącznie 2 2

Literatura podstawowa

1. Baxevanis, A.D, Ouellette, B.F.F. (red.),  Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.

2. Jin Xiong, Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2011

3. Higgs Paul G., Attword Teresa K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2008.

Literatura uzupełniająca

Uwagi


Zmodyfikowane przez dr Renata Grochowalska (ostatnia modyfikacja: 13-06-2018 19:40)