SylabUZ
Nazwa przedmiotu | PW5a - Biologiczne bazy danych |
Kod przedmiotu | 13.9-WB-BTP-biol_ba-S18 |
Wydział | Wydział Nauk Biologicznych |
Kierunek | Biotechnologia |
Profil | ogólnoakademicki |
Rodzaj studiów | pierwszego stopnia z tyt. licencjata |
Semestr rozpoczęcia | semestr zimowy 2018/2019 |
Semestr | 3 |
Liczba punktów ECTS do zdobycia | 2 |
Typ przedmiotu | obowiązkowy |
Język nauczania | polski |
Sylabus opracował |
|
Forma zajęć | Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) | Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) | Forma zaliczenia |
Wykład | 15 | 1 | - | - | Zaliczenie na ocenę |
Laboratorium | 15 | 1 | - | - | Zaliczenie na ocenę |
Prezentacja najważniejszych, rozwijających się biologicznych baz danych, różnice w ich konstrukcji, metodach wyszukiwania i zasobach. Idee konstrukcji i możliwości metabaz. Rejestr baz i ich aktualizacje. Po ukończeniu przedmiotu student powinien posiadać zdolność samodzielnego wyszukiwania danych w bazach bioinformatycznych, analizowania ich oraz prawidłowej interpretacji uzyskanych wyników.
Znajomość zagadnień z zakresu biochemii, genetyki i biologii komórki.Umiejętność obsługi komputera oraz korzystania z programów komputerowych i źródeł internetowych.
Cele Bioinformatyki i tworzenia biologicznych baz danych. Bazy pierwszo- i drugorzędowe, metabazy, specjalistyczne (tematyczne) bazy danych. Indeks biologicznych baz danych. Źródła i i rodzaje danych biologicznych. Struktura rekordów. Przeszukiwanie i pobieranie informacji z biologicznych baz danych, stosowane narzędzia przeglądania i pobierania danych. Bazy sekwencji DNA (GenBank,EMBL, DDBJ), bazy sekwencji białkowych (UniProt, ExPASy, Swiss -Prot), bazy strukturalne (Protein Data Bank), bazy bibliograficzne (PubMed, PubMed Central, BookShelf). Przykłady baz wtórnych i specjalistycznych.
Wykład,konsultacje,laboratoria: ćwiczenia z wykorzystaniem programów komputerowych i zasobów internetowych baz danych.
Opis efektu | Symbole efektów | Metody weryfikacji | Forma zajęć |
Wykład – pozytywna ocena z zaliczenia materiału wykładowego. Test zaliczeniowy to test praktycznych umiejętności, zawiera 20 zadań których realizacja wymaga odpowiedniego wyboru zasobów danych, prawidłowego postępowania analitycznego oraz dodatkowo 20 pytań zamkniętych, czas trwania zaliczenia 60 minut. Pozytywną ocenę uzyskuje student po udzieleniu 50 % poprawnych odpowiedzi. Laboratorium komputerowe - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnych ocen z przygotowania trzech sprawozdań pisemnych i jednej prezentacji multimedialnej – ocena pozytywna powyżej 50 % punktów możliwych do uzyskania. Ocena końcowa to średnia arytmetyczna ocen cząstkowych (po 50% z części wykładowej i laboratoryjnej).
1.Xiong J. 2009.Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa
2. https://doi.org/10.1016/j.gpb.2015.01.006
3. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/4/
4. http://www.ncbi.nlm.nih.gov
5. http://www.embl.de/
6. http://www.ddbj.nig.ac.jp
1. Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), 2004.Bioinformatyka.Podręcznik do analizy genów i białek. PWN,Warszawa.
2. Higgs P.W., Attwood T.K.2008.Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa.
Zmodyfikowane przez dr Elżbieta Heger (ostatnia modyfikacja: 21-05-2018 11:14)