PW5a - Biologiczne bazy danych - opis przedmiotu

Informacje ogólne

Nazwa przedmiotu	PW5a - Biologiczne bazy danych
Kod przedmiotu	13.9-WB-BTP-biol_ba-S18
Wydział	Wydział Nauk Biologicznych
Kierunek	Biotechnologia
Profil	ogólnoakademicki
Rodzaj studiów	pierwszego stopnia z tyt. licencjata
Semestr rozpoczęcia	semestr zimowy 2018/2019

Informacje o przedmiocie

Semestr	3
Liczba punktów ECTS do zdobycia	2
Typ przedmiotu	obowiązkowy
Język nauczania	polski
Sylabus opracował	dr Elżbieta Heger

Formy zajęć

Forma zajęć	Liczba godzin w semestrze (stacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne)	Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne)	Forma zaliczenia
Wykład	15	1	-	-	Zaliczenie na ocenę
Laboratorium	15	1	-	-	Zaliczenie na ocenę

Cel przedmiotu

Prezentacja najważniejszych, rozwijających się biologicznych baz danych, różnice w ich konstrukcji, metodach wyszukiwania i zasobach. Idee konstrukcji i możliwości metabaz. Rejestr baz i ich aktualizacje. Po ukończeniu przedmiotu student powinien posiadać zdolność samodzielnego wyszukiwania danych w bazach bioinformatycznych, analizowania ich oraz prawidłowej interpretacji uzyskanych wyników.

Wymagania wstępne

Znajomość zagadnień z zakresu biochemii, genetyki i biologii komórki.Umiejętność obsługi komputera oraz korzystania z programów komputerowych i źródeł internetowych.

Zakres tematyczny

Cele Bioinformatyki i tworzenia biologicznych baz danych. Bazy pierwszo- i drugorzędowe, metabazy, specjalistyczne (tematyczne) bazy danych. Indeks biologicznych baz danych. Źródła i i rodzaje danych biologicznych. Struktura rekordów. Przeszukiwanie i pobieranie informacji z biologicznych baz danych, stosowane narzędzia przeglądania i pobierania danych. Bazy sekwencji DNA (GenBank,EMBL, DDBJ), bazy sekwencji białkowych (UniProt, ExPASy, Swiss -Prot), bazy strukturalne (Protein Data Bank), bazy bibliograficzne (PubMed, PubMed Central, BookShelf). Przykłady baz wtórnych i specjalistycznych.

Metody kształcenia

Wykład,konsultacje,laboratoria: ćwiczenia z wykorzystaniem programów komputerowych i zasobów internetowych baz danych.

Efekty uczenia się i metody weryfikacji osiągania efektów uczenia się

Opis efektu	Symbole efektów	Metody weryfikacji	Forma zajęć

Warunki zaliczenia

Wykład – pozytywna ocena z zaliczenia materiału wykładowego. Test zaliczeniowy to test praktycznych umiejętności, zawiera 20 zadań których realizacja wymaga odpowiedniego wyboru zasobów danych, prawidłowego postępowania analitycznego oraz dodatkowo 20 pytań zamkniętych, czas trwania zaliczenia 60 minut. Pozytywną ocenę uzyskuje student po udzieleniu 50 % poprawnych odpowiedzi. Laboratorium komputerowe - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnych ocen z przygotowania trzech sprawozdań pisemnych i jednej prezentacji multimedialnej – ocena pozytywna powyżej 50 % punktów możliwych do uzyskania. Ocena końcowa to średnia arytmetyczna ocen cząstkowych (po 50% z części wykładowej i laboratoryjnej).

Literatura podstawowa

1.Xiong J. 2009.Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa

2. https://doi.org/10.1016/j.gpb.2015.01.006

3. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/4/

4. http://www.ncbi.nlm.nih.gov

5. http://www.embl.de/

6. http://www.ddbj.nig.ac.jp

Literatura uzupełniająca

1. Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), 2004.Bioinformatyka.Podręcznik do analizy genów i białek. PWN,Warszawa.

2. Higgs P.W., Attwood T.K.2008.Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa.

Uwagi

Zmodyfikowane przez dr Elżbieta Heger (ostatnia modyfikacja: 21-05-2018 11:14)