SylabUZ
| Nazwa przedmiotu | PW5a - Biologiczne bazy danych |
| Kod przedmiotu | 13.9-WB-BTP-biol_ba-S18 |
| Wydział | Wydział Nauk Biologicznych |
| Kierunek | Biotechnologia |
| Profil | ogólnoakademicki |
| Rodzaj studiów | pierwszego stopnia z tyt. licencjata |
| Semestr rozpoczęcia | semestr zimowy 2019/2020 |
| Semestr | 3 |
| Liczba punktów ECTS do zdobycia | 2 |
| Typ przedmiotu | obowiązkowy |
| Język nauczania | polski |
| Sylabus opracował |
|
| Forma zajęć | Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) | Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) | Forma zaliczenia |
| Wykład | 15 | 1 | - | - | Zaliczenie na ocenę |
| Laboratorium | 15 | 1 | - | - | Zaliczenie na ocenę |
Prezentacja najważniejszych, rozwijających się biologicznych baz danych, różnice w ich konstrukcji, metodach wyszukiwania i zasobach. Idee konstrukcji i możliwości metabaz. Rejestry baz i ich aktualizacje. Po ukończeniu przedmiotu student powinien posiadać zdolność samodzielnego wyszukiwania danych w bazach bioinformatycznych, analizowania ich oraz prawidłowej interpretacji uzyskanych wyników.
Znajomość zagadnień z zakresu biochemii, genetyki i biologii komórki.Umiejętność obsługi komputera oraz korzystania z programów komputerowych i źródeł internetowych.
Wykład
Cele Bioinformatyki i tworzenia biologicznych baz danych. Bazy pierwszo- i drugorzędowe, metabazy, specjalistyczne (tematyczne) bazy danych. Indeks biologicznych baz danych. Źródła i i rodzaje danych biologicznych. Struktura rekordów. Przeszukiwanie i pobieranie informacji z biologicznych baz danych, stosowane narzędzia przeglądania i pobierania danych. Bazy sekwencji DNA (GenBank,EMBL, DDBJ), bazy sekwencji białkowych (UniProt, ExPASy, Swiss -Prot), bazy strukturalne (Protein Data Bank), bazy bibliograficzne (PubMed, PubMed Central, BookShelf). Przykłady baz wtórnych i specjalistycznych.
Laboratorium komputerowe
Rejestry BBD i ich aktualizacje ( Nucleic Acids Research, 2020). Analiza źródeł finansowania, nadzoru i metod weryfikacji zasobów dla wybranych przykładów baz. Przykłady baz źródłowych i zasobów pierwotnych. Analiza dynamiki rozwoju poszczególnych typów zasobów. Struktura bazy The National Center for Biotechnology Information (NCBI). Analiza struktury, zasobów, sposobów wyszukiwania i prezentacji wyników wybranych BBD.
Wykład,konsultacje,laboratoria: ćwiczenia z wykorzystaniem programów komputerowych i zasobów internetowych baz danych.
| Opis efektu | Symbole efektów | Metody weryfikacji | Forma zajęć |
Wykład – zaliczenie w formie pisemnej obejmuje 15 pytań testowych (test wyboru), trwa 45 minut . Do zaliczenia na ocenę pozytywną wymagane jest uzyskanie 60% z maksymalnej do zdobycia liczby punktów.
Laboratorium komputerowe – student ma obowiązek przygotowania 5 sprawozdań w odniesieniu do analizowanych na zajęciach zagadnień oraz samodzielnego przygotowania prezentacji multimedialnej i jej przedstawienia. Ocena końcowa jest średnią arytmetyczną ocen cząstkowych. Test zaliczeniowy to test praktycznych umiejętności, zawiera 10 zadań złożonych których realizacja wymaga odpowiedniego wyboru zasobów danych, prawidłowego postępowania analitycznego, czas zaliczenia - 60 minut. Pozytywną ocenę uzyskuje student po udzieleniu 50 % poprawnych odpowiedzi. Ocena końcowa to średnia arytmetyczna ocen cząstkowych (po 50% z części wykładowej i laboratoryjnej).
1.Xiong J. 2009.Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa
2. https://doi.org/10.1016/j.gpb.2015.01.006
3. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/4/
4. http://www.ncbi.nlm.nih.gov
5. http://www.embl.de/
6. http://www.ddbj.nig.ac.jp
1. Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), 2004.Bioinformatyka.Podręcznik do analizy genów i białek. PWN,Warszawa.
2. Higgs P.W., Attwood T.K.2008. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa.
Zmodyfikowane przez dr Elżbieta Heger (ostatnia modyfikacja: 16-05-2019 14:01)
