SylabUZ
| Nazwa przedmiotu | PW5b - Profilowanie genomów i transkryptomów |
| Kod przedmiotu | 13.9-WB-BTP-Profil.ge.-S18 |
| Wydział | Wydział Nauk Biologicznych |
| Kierunek | Biotechnologia |
| Profil | ogólnoakademicki |
| Rodzaj studiów | pierwszego stopnia z tyt. licencjata |
| Semestr rozpoczęcia | semestr zimowy 2019/2020 |
| Semestr | 3 |
| Liczba punktów ECTS do zdobycia | 2 |
| Typ przedmiotu | obowiązkowy |
| Język nauczania | polski |
| Sylabus opracował |
|
| Forma zajęć | Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) | Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) | Forma zaliczenia |
| Wykład | 15 | 1 | - | - | Zaliczenie na ocenę |
| Laboratorium | 15 | 1 | - | - | Zaliczenie na ocenę |
Prezentacja współczesnych metod wielkoskalowych profilowania genomów i transkryptomów oraz sposobów dokumentacji, przetwarzania i upowszechniania odpowiadającym im zbiorom danych.
Znajomość zagadnień z zakresu biochemii, genetyki i biologii komórki.Umiejętność obsługi komputera oraz korzystania z programów komputerowych i źródeł internetowych.
Wykład:
Zależności funkcjonalne pomiędzy genomem, transkryptomem a proteomem. Współczesne definicje genu i transkryptu, poziomy regulacji transkrypcji, proces alternatywnego składania genów. Epigenetyka. Zastosowanie technologii mikromacierzy i sekwencjonowania w diagnostyce medycznej. Metagenomika w analizie różnorodności gatunkowej. Bazy danych genomowych. Transkrypcyjne bazy danych.
Laboratorium:
Rejestry baz danych i ich aktualizacje ( Nucleic Acids Research, 2020). Analiza źródeł finansowania, nadzoru i metod weryfikacji zasobów dla wybranych przykładów baz. Źródła i i rodzaje danych biologicznych. Struktura rekordów. Przeszukiwanie i pobieranie informacji z biologicznych baz danych, stosowane narzędzia przeglądania i pobierania danych. Bazy genomowe i bazy transkryptomów. Przykłady baz wtórnych i specjalistycznych. Analiza struktury, zasobów, sposobów wyszukiwania i prezentacji wyników wybranych BBD.
Wykład,konsultacje,laboratoria: ćwiczenia z wykorzystaniem programów komputerowych i zasobów internetowych baz danych.
| Opis efektu | Symbole efektów | Metody weryfikacji | Forma zajęć |
Wykład – zaliczenie w formie pisemnej obejmuje 15 pytań testowych (test wyboru), trwa 45 minut . Do zaliczenia na ocenę pozytywną wymagane jest uzyskanie 60% z maksymalnej do zdobycia liczby punktów.
Laboratorium komputerowe – student ma obowiązek przygotowania 5 sprawozdań w odniesieniu do analizowanych na zajęciach zagadnień oraz samodzielnego przygotowania prezentacji multimedialnej i jej przedstawienia. Ocena końcowa jest średnią arytmetyczną ocen cząstkowych. Test zaliczeniowy to test praktycznych umiejętności, zawiera 10 zadań złożonych których realizacja wymaga odpowiedniego wyboru zasobów danych, prawidłowego postępowania analitycznego, czas zaliczenia - 60 minut. Pozytywną ocenę uzyskuje student po udzieleniu 50 % poprawnych odpowiedzi. Ocena końcowa to średnia arytmetyczna ocen cząstkowych (po 50% z części wykładowej i laboratoryjnej).
1. TA Brown. Genomy. PWN 2018
2. KM Charon, M. Świtoński. Genetyka i genomika zwierząt. PWN 2012
3. .Xiong J. 2009.Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa
4. https://doi.org/10.1016/j.gpb.2015.01.006
1. Bal J. Biologia molekularna w medycynie. Elementy genetyki klinicznej. Warszawa: PWN; 2006.
2. Buchowicz J. Biotechnologia molekularna. Warszawa: PWN; 2006.
3. Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), 2004.Bioinformatyka.Podręcznik do analizy genów i białek. PWN,Warszawa.
4. Higgs P.W., Attwood T.K.2008. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa.
Zmodyfikowane przez dr Elżbieta Heger (ostatnia modyfikacja: 27-05-2019 12:46)
