Podstawy bioinformatyki - opis przedmiotu

Informacje ogólne

Nazwa przedmiotu	Podstawy bioinformatyki
Kod przedmiotu	11.3-WF-FizD-PB-S17
Wydział	Wydział Fizyki i Astronomii
Kierunek	Fizyka
Profil	ogólnoakademicki
Rodzaj studiów	drugiego stopnia z tyt. magistra
Semestr rozpoczęcia	semestr zimowy 2017/2018

Informacje o przedmiocie

Semestr	3
Liczba punktów ECTS do zdobycia	4
Typ przedmiotu	obowiązkowy
Język nauczania	polski
Sylabus opracował	dr hab. Jarosław Piskorski, prof. UZ

Formy zajęć

Forma zajęć	Liczba godzin w semestrze (stacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne)	Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne)	Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne)	Forma zaliczenia
Wykład	15	1	-	-	Egzamin
Laboratorium	30	2	-	-	Zaliczenie na ocenę

Cel przedmiotu

Zapoznanie studentów z teoretycznymi, obliczeniowymi i praktycznymi elementami bioinformatyki.
Przygotowanie do pracy w pracowni bioinformatyki w jednostce medycznej lub naukowej.

Wymagania wstępne

Znajomość podstaw rachunku prawdopodobieństwa, biostatystyki oraz matematycznych metod bioinformatyki.
Umiejętność programowania w języku Python lub języku R

Zakres tematyczny

1) Podstawy genów i genomu
2) Podstawy ewolucji molekularnej
3) Technologie genomowe
4) Dane, bazy danych, formaty, wyszukiwanie i pobieranie danych / przeglądarki genomów
5) Przetwarzanie dużych wolumenów danych w bioinformatyce / big data w bioinformatyce
6) Dopasowanie sekwencji i wyszukiwanie na podstawie podobieństwa
7) Sekwencjonowanie
8) Metoda analizy mikromacierzy
9) Struktura białek
Podczas ćwiczeń studenci będą rozwiązywali zadania programistyczne związane z powyższymi
tematami posługując się językiem Python lub R.

Metody kształcenia

Wykład problemowy oraz konwersatoryjny. Ćwiczenia laboratoryjne, zadania programistycznie oraz projekty.

Efekty uczenia się i metody weryfikacji osiągania efektów uczenia się

Opis efektu	Symbole efektów	Metody weryfikacji	Forma zajęć

Warunki zaliczenia

Wykład:
Warunkiem zaliczenia wykładu jest zdanie egzaminu końcowego pisemnego polegającego na
opisaniu kilku problemów teoretycznych.
Ćwiczenia:
W trakcie zajęć laboratoryjnych studenci wykonywać będą otwarte projekty oparte o zawartość
wykładów

Literatura podstawowa

[1] Supratim Choudhuri, Bioinformatics for Beginners: Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools,
[2] Phillip Compeau and Pavel Pevzner, Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach, 2nd Ed

Literatura uzupełniająca

Uwagi

Zmodyfikowane przez prof. dr hab. Mirosław Dudek (ostatnia modyfikacja: 27-09-2017 11:08)