SylabUZ
Nazwa przedmiotu | PW14a - Analiza porównawcza białek z wykorzystaniem algorytmu semihomologii genetycznej |
Kod przedmiotu | 13.9-WB-Biol2P-Biol.-S16 |
Wydział | Wydział Nauk Biologicznych |
Kierunek | Biologia |
Profil | ogólnoakademicki |
Rodzaj studiów | pierwszego stopnia z tyt. licencjata |
Semestr rozpoczęcia | semestr zimowy 2017/2018 |
Semestr | 6 |
Liczba punktów ECTS do zdobycia | 1 |
Typ przedmiotu | obowiązkowy |
Język nauczania | polski |
Sylabus opracował |
|
Forma zajęć | Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) | Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) | Forma zaliczenia |
Wykład | 15 | 1 | 9 | 0,6 | Zaliczenie na ocenę |
Celem przedmiotu jest opanowanie metod teoretycznej analizy porównawczej białkowych sekwencji spokrewnionych (homologicznych). Poznanie statystycznych i niestatystycznych metod analizy oraz umiejętność oceny przydatności każdej z nich. Zapoznanie się szczegółowe z konstrukcją i działaniem algorytmu semihomologii genetycznej w analizie porównawczej sekwencji homologicznych.
Obsługa komputera i internetu. Obsługa ogólnoużytkowych programów przewidzianych w programie przedmiotu "Podstawowe zastosowania komputerów". Ukończony kurs z biochemii.
Zapoznanie się z metodami analizy porównawczej spokrewnionych sekwencji białkowych. Metody dopasowania sekwencji homologicznych. Ocena skuteczności zastosowanej metody. Metody statystyczne i niestatystyczne analizy porównawczej białek. Charakterystyka stochastycznych macierzy PAM i BLOSUM - wady i zalety ich stosowania. Algorytm semihomologii genetycznej - budowa algorytmu i wstępne założenia. Zastosowanie programu GEISHA3 stosującego algorytm semihomologii genetycznej do analizy porównawczej białek i śledzenia procesu zmienności ewolucyjnej na poziomie molekularnycm. Wykorzystanie algorytmu semihomologii genetycznej do wykrywania i wyjaśniania procesów zmienności ewolucyjnej w białkach homologicznych (wykrywanie mutacji innych niż pojedyncza tranzycja/transwersja, wyjaśnienie pojawiania się pozycji o nadmiernej zmienności mutacyjnej, wirtualna odwrotna translacja - odtwarzanie domniemanego kodu genetycznego dla białek homologicznych)
Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online. Korzystanie z programów służących do dopasowania homologicznych sekwencji baiłkowych - statystycznych (ClustalX, Multalign, K-Align, T-Coffee) i niestatystycznych (Geisha3). Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Korzystanie z materiału zdalnego nauczania (e-learning).
Opis efektu | Symbole efektów | Metody weryfikacji | Forma zajęć |
Test zaliczeniowy.
Ocena końcowa to zaliczenie na ocenę uzyskaną w wyniku rozwiązania testu zaliczeniowego.
1. Baxevanis, A.D, Ouellette, B.F.F. (red.), Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.
2. Berg, J.M, Tymoczko, J.L. , Stryer, L., Biochemia, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2005, wydanie III zmienione
3. Leluk, J. (1998) A new algorithm for analysis of the homology in protein primary structure. Computers & Chemistry, 22, 123-131.
4. Leluk, J. (2000) A non-statistical approach to protein mutational variability. BioSystems, 56, 83-93.
1. Leluk, J., Hanus-Lorenz, B. Sikorski, A.F. (2001) Application of genetic semihomology algorithm to theoretical studies on various protein families. Acta Biochim. Polon., 48, 21-33.
Zmodyfikowane przez dr hab. Jacek Leluk, prof. UZ (ostatnia modyfikacja: 24-04-2017 16:25)