SylabUZ

Wygeneruj PDF dla tej strony

PW10a - Metody algorytmiczne i oprogramowanie do konstruowania molekularnych drzew filogenetycznych - opis przedmiotu

Informacje ogólne
Nazwa przedmiotu PW10a - Metody algorytmiczne i oprogramowanie do konstruowania molekularnych drzew filogenetycznych
Kod przedmiotu 13.9-WB-OS2P-Kartogr.-S16
Wydział Wydział Nauk Biologicznych
Kierunek Ochrona środowiska
Profil ogólnoakademicki
Rodzaj studiów pierwszego stopnia z tyt. licencjata
Semestr rozpoczęcia semestr zimowy 2017/2018
Informacje o przedmiocie
Semestr 6
Liczba punktów ECTS do zdobycia 2
Typ przedmiotu obowiązkowy
Język nauczania polski
Sylabus opracował
  • dr hab. Jacek Leluk, prof. UZ
Formy zajęć
Forma zajęć Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) Forma zaliczenia
Wykład 15 1 - - Zaliczenie na ocenę
Laboratorium 15 1 - - Zaliczenie na ocenę
Wykład/Zdalne 15 1 - - Zaliczenie 

Cel przedmiotu

Zdobycie wiedzy na temat charakterystyki i budowy drzew filogenetycznych i ich istotnych parametrów. Rozumienie znaczenia topologii drzewa filogenetycznego, generowania kladów i węzłów. Rozumienie przeznaczenia drzew różnego typu (filogramy, kladogramy, drzewa nieukorzenione). Zdobycie wiedzy na temat algorytmów stosowanych do konstrukcji drzew filogenetycznych. Zdobycie umiejętności konstruowania molekularnych drzew filogenetycznych w oparciu o różne algorytmy obliczeniowe i różne programy. Opanowanie umiejętności weryfikacji wiarygodności wygenerowanych drzew filogenetycznych. Zdobycie umiejętności interpretacji wyników i pobierania informacji wynikającej z drzew filogenetycznych. Rozumienie mechanizmów ewolucyjnych na poziomie molekularnym.

Wymagania wstępne

Pozytywne zaliczenie kursu biochemii i bioinformatyki. Umiejętność obsługi komputera i internetu. Umiejętność korzystania z biologicznych baz danych sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych.

Zakres tematyczny

Główne cechy charakteryzujące drzewa filogenetyczne. Drzewa ukorzenione i nieukorzenione. Różne formy graficznego przedstawienia drzew filogenetycznych - kladogramy, filogramy i drzewa nieukorzenione. Zakres zastosowań drzew filogenetycznych w analizie zmienności ewolucyjnej i pokrewieństwa. Oszacowanie istotności obserwowanego podobieństwa porównywanych sekwencji - program SSSS. Teoretyczne podstawy algorytmów stosowanych do generowania drzew filogenetycznych. Metoda najbliższego sąsiedztwa, metoda największej oszczędności i metoda największej szansy - charakterystyka i zastosowanie. Programy do generowania drzew filogenetycznych: ClustalX, Phylip, SSSSg, ConSurf. Obliczanie dystansów ewolucyjnych. Analiza wyników otrzymamych niezależnymi metodami - tworzenie konsensusowych drzew filogenetycznych. Porównanie drzew filogenetycznych wygenerowanych w oparciu o analizę sekwencji nukleotydowych i odpowiadających im sekwencji aminokwasowych. Praktyczne ćwiczenia konstruowania drzew filogenetycznych. Wizualizacja wyników - program TreeView.

Metody kształcenia

Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z białkowych baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego do konstruowania, wizualizacji i analizy molekularnych drzew filogenetycznych.

Ćwiczenia praktyczne z samodzielnym konstruowaniem drzew filogenetycznych.

Korzystanie z materiału zdalnego nauczania (e-learning).

Efekty uczenia się i metody weryfikacji osiągania efektów uczenia się

Opis efektu Symbole efektów Metody weryfikacji Forma zajęć

Warunki zaliczenia

Wykład - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnej oceny z końcowego testu egzaminacyjnego

Laboratorium - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnych ocen ze wszystkich ćwiczeń laboratoryjnych, przewidzianych do realizacji w ramach programu laboratorium, oraz pozytywne zaliczenie testu końcowego.

Literatura podstawowa

1.      Bioinformatyka i ewolucja molekularnaPodobnie postępuj w przypadku kolejnych pozycji bibliograficznych literatury podstawowej wciskając [Enter]. Pamiętaj o kolejności: autor, tytuł, wydawnictwo, miejsce, rok wydania! Przed wciśnięciem [Enter] skasuj ukryty tekst: „Podobnie …”., Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2011

2.      Łatwe drzewa filogenetyczne - poradnik użytkownika, Barry Hall, Warszawa 2008, ISBN 978-83-235-0562-4

3.      Fundamentals of Molecular Evolution, Dan Graur, Wen-Hsiung Li, 2000, ISBN-10: 0878932666 | ISBN-13: 978-0878932665

Literatura uzupełniająca

Uwagi


Zmodyfikowane przez dr hab. Jacek Leluk, prof. UZ (ostatnia modyfikacja: 04-07-2017 22:30)