SylabUZ
| Nazwa przedmiotu | PW10a - Metody algorytmiczne i oprogramowanie do konstruowania molekularnych drzew filogenetycznych |
| Kod przedmiotu | 13.9-WB-OS2P-Kartogr.-S16 |
| Wydział | Wydział Nauk Biologicznych |
| Kierunek | Ochrona środowiska |
| Profil | ogólnoakademicki |
| Rodzaj studiów | pierwszego stopnia z tyt. licencjata |
| Semestr rozpoczęcia | semestr zimowy 2017/2018 |
| Semestr | 6 |
| Liczba punktów ECTS do zdobycia | 2 |
| Typ przedmiotu | obowiązkowy |
| Język nauczania | polski |
| Sylabus opracował |
|
| Forma zajęć | Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) | Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) | Forma zaliczenia |
| Wykład | 15 | 1 | - | - | Zaliczenie na ocenę |
| Laboratorium | 15 | 1 | - | - | Zaliczenie na ocenę |
| Wykład/Zdalne | 15 | 1 | - | - | Zaliczenie |
Zdobycie wiedzy na temat charakterystyki i budowy drzew filogenetycznych i ich istotnych parametrów. Rozumienie znaczenia topologii drzewa filogenetycznego, generowania kladów i węzłów. Rozumienie przeznaczenia drzew różnego typu (filogramy, kladogramy, drzewa nieukorzenione). Zdobycie wiedzy na temat algorytmów stosowanych do konstrukcji drzew filogenetycznych. Zdobycie umiejętności konstruowania molekularnych drzew filogenetycznych w oparciu o różne algorytmy obliczeniowe i różne programy. Opanowanie umiejętności weryfikacji wiarygodności wygenerowanych drzew filogenetycznych. Zdobycie umiejętności interpretacji wyników i pobierania informacji wynikającej z drzew filogenetycznych. Rozumienie mechanizmów ewolucyjnych na poziomie molekularnym.
Pozytywne zaliczenie kursu biochemii i bioinformatyki. Umiejętność obsługi komputera i internetu. Umiejętność korzystania z biologicznych baz danych sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych.
Główne cechy charakteryzujące drzewa filogenetyczne. Drzewa ukorzenione i nieukorzenione. Różne formy graficznego przedstawienia drzew filogenetycznych - kladogramy, filogramy i drzewa nieukorzenione. Zakres zastosowań drzew filogenetycznych w analizie zmienności ewolucyjnej i pokrewieństwa. Oszacowanie istotności obserwowanego podobieństwa porównywanych sekwencji - program SSSS. Teoretyczne podstawy algorytmów stosowanych do generowania drzew filogenetycznych. Metoda najbliższego sąsiedztwa, metoda największej oszczędności i metoda największej szansy - charakterystyka i zastosowanie. Programy do generowania drzew filogenetycznych: ClustalX, Phylip, SSSSg, ConSurf. Obliczanie dystansów ewolucyjnych. Analiza wyników otrzymamych niezależnymi metodami - tworzenie konsensusowych drzew filogenetycznych. Porównanie drzew filogenetycznych wygenerowanych w oparciu o analizę sekwencji nukleotydowych i odpowiadających im sekwencji aminokwasowych. Praktyczne ćwiczenia konstruowania drzew filogenetycznych. Wizualizacja wyników - program TreeView.
Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z białkowych baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego do konstruowania, wizualizacji i analizy molekularnych drzew filogenetycznych.
Ćwiczenia praktyczne z samodzielnym konstruowaniem drzew filogenetycznych.
Korzystanie z materiału zdalnego nauczania (e-learning).
| Opis efektu | Symbole efektów | Metody weryfikacji | Forma zajęć |
Wykład - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnej oceny z końcowego testu egzaminacyjnego
Laboratorium - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnych ocen ze wszystkich ćwiczeń laboratoryjnych, przewidzianych do realizacji w ramach programu laboratorium, oraz pozytywne zaliczenie testu końcowego.
1. Bioinformatyka i ewolucja molekularnaPodobnie postępuj w przypadku kolejnych pozycji bibliograficznych literatury podstawowej wciskając [Enter]. Pamiętaj o kolejności: autor, tytuł, wydawnictwo, miejsce, rok wydania! Przed wciśnięciem [Enter] skasuj ukryty tekst: „Podobnie …”., Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2011
2. Łatwe drzewa filogenetyczne - poradnik użytkownika, Barry Hall, Warszawa 2008, ISBN 978-83-235-0562-4
3. Fundamentals of Molecular Evolution, Dan Graur, Wen-Hsiung Li, 2000, ISBN-10: 0878932666 | ISBN-13: 978-0878932665
Zmodyfikowane przez dr hab. Jacek Leluk, prof. UZ (ostatnia modyfikacja: 04-07-2017 22:30)
