SylabUZ
| Nazwa przedmiotu | PW2b - Zastosowania bioinformatyki |
| Kod przedmiotu | 13.9-WB-BTD-Zast.bio.-S14 |
| Wydział | Wydział Nauk Biologicznych |
| Kierunek | Biotechnologia |
| Profil | ogólnoakademicki |
| Rodzaj studiów | drugiego stopnia z tyt. magistra |
| Semestr rozpoczęcia | semestr zimowy 2017/2018 |
| Semestr | 1 |
| Liczba punktów ECTS do zdobycia | 4 |
| Typ przedmiotu | obowiązkowy |
| Język nauczania | polski |
| Sylabus opracował |
|
| Forma zajęć | Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) | Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) | Forma zaliczenia |
| Wykład | 15 | 1 | - | - | Zaliczenie na ocenę |
| Laboratorium | 15 | 1 | - | - | Zaliczenie na ocenę |
Poznanie podstawowych bioinformatycznych metod badawczych. Zapoznanie się i rozumienie układu strukturalnego budowy biologicznych baz danych. Zapoznanie się z fundamentalnymi zasadami funkcjonowania aplikacji służących do teoretycznych badań porównawczych sekwencji biologicznych. Rozumienie i umiejętność właściwego doboru narzędzi statystycznych i niestatystycznych w konkretnych badaniach porównawczych. Podstawowe korzystanie z publicznie dostępnych usług bioinformatycznych (BLAST, zasoby białkowe i genomowe). Obsługa wybranych, publicznie dostępnych aplikacji bioinformatycznych. Umiejętność oszacowania istotności podobieństwa porównywanych sekwencji. Prawidłowe wzajemne dopasowywanie wielu sekwencji homologicznych. Opanowanie wszystkich obecnie stosowanych metod identyfikacji sekwencji kodujących w genomie. Umiejętność wyboru właściwej metody oraz porównania ich wartości poznawczej w konkretnej analizie teoretycznej. Umiejętność korzystania z programów do wizualizacji i analizy struktur molekularnych (Rasmol, WebLab Viewer, VMD, DSVisualizer17). Właściwy dobór narzędzi (oprogramowania i baz danych) do skutecznej i prawidłowej realizacji projektów badawczych w zakresie molekularnej analizy teoretycznej układów biologicznych.
Obsługa komputera i internetu. Obsługa ogólnoużytkowych programów przewidzianych w programie przedmiotu "Podstawowe zastosowania komputerów"
Przegląd baz danych i metod teoretycznej analizy porównawczej sekwencji białkowych. Ogólna charakterystyka struktury i organizacji najpopularniejszych baz. Przegląd podstawowych narzędzi i algorytmów do analizy porównawczej sekwencji biologicznych. Metody statystyczne i niestatystyczne analizy porównawczej. Główne metody badań podobieństwa sekwencji biologicznych. Istotne kryteria analizy porównawczej sekwencji. Wyczerpujący przegląd współczesnych metod identyfikacji sekwencji kodujących w genomie. Dopasowywanie sekwencji białkowych przy użyciu programu ClustalX oraz innych powszechnie stosowanych programów. Teoretyczna charakterystyka białka na podstawie znanej jego sekwencji aminokwasowej.
Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Korzystanie z materiału zdalnego nauczania (e-learning)
| Opis efektu | Symbole efektów | Metody weryfikacji | Forma zajęć |
Test zaliczeniowy.
Ocena końcowa to zaliczenie na ocenę uzyskaną w wyniku rozwiązania testu zaliczeniowego.
1. Baxevanis, A.D, Ouellette, B.F.F. (red.), Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.
2. Jin Xiong, Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2011
3. Higgs Paul G., Attword Teresa K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2008.
Zmodyfikowane przez dr hab. Jacek Leluk, prof. UZ (ostatnia modyfikacja: 04-07-2017 20:58)
