SylabUZ
| Course name | Protein Analysis Methods |
| Course ID | 13.9-WB-BMD-MAB-L-S14_pNadGenPEBES |
| Faculty | Faculty of Biological Sciences |
| Field of study | Biology / Biologia molekularna |
| Education profile | academic |
| Level of studies | Second-cycle studies leading to MS degree |
| Beginning semester | winter term 2021/2022 |
| Semester | 1 |
| ECTS credits to win | 8 |
| Course type | obligatory |
| Teaching language | polish |
| Author of syllabus |
|
| The class form | Hours per semester (full-time) | Hours per week (full-time) | Hours per semester (part-time) | Hours per week (part-time) | Form of assignment |
| Laboratory | 30 | 2 | - | - | Credit with grade |
| Lecture | 30 | 2 | - | - | Exam |
Wykład ma za zadanie zaznajomienie studenta z podstawowymi metodami analizy białek, zasygnalizowanie kierunków rozwoju tej dziedziny nauki oraz podkreślenie jej wagi w interdyscyplinarnej przestrzeni nauk biologicznych. Celem jest także zwrócenie uwagi studenta na umiejętności właściwego rozpoznawania problemu eksperymentalnego, kreatywnego podejścia do jego rozwiązania i rzetelnej interpretacji danych.
Zaliczenie kursu chemii organicznej, biochemii, genetyki i biologii komórki.
Wykład:
1. Złożoność strukturalna i funkcjonalna białek.
2. Podstawowe metody detekcji i charakterystyki białek i aminokwasów (masa cząsteczkowa, skład aminokwasowy, sekwencja aminokwasowa, termostabilność, pH-stabilność i punkt izoelektryczny itp.).
3. Metody analizy i oczyszczania białek (techniki chromatograficzne, techniki elektroforetyczne, techniki kolorymetryczne i spektrofotometryczne, wirowanie i ultrawirowanie itp.).
4. Proteomika i metody w niej wykorzystywane (elektroforeza 2D, spektrometria masowa, mikromacierze itp.).
5. Metody analizy struktury białek (dichroizm kołowy, NMR, EPR, techniki fluorescencyjne, krystalografia).
6. Aktywność biologiczna białek (wiązanie do błon biologicznych, oddziaływania białko-białko, aktywność enzymatyczna itp.).
7. Metody przewidywania struktury i właściwości białek.
Laboratorium:
1. Analiza białek in silico - zasoby internetowe sekwencji i struktur białkowych, danych ekspresyjnych, wizualizacji białek in vivo. Programy służące analizie białek.
2. Deproteinizacja preparatów. Efektywność strącania białek. Metody selektywnej ekstrakcji białek.
3. Frakcjonowanie składników osocza krwi metodą Cohna.
4. Oczyszczanie białek za pomocą chromatografii żelowej.
5. Rozdział elektroforetyczny typu SDS-Page białek glikozylowanych i glikowanych, analiza porównawcza preparatów, wykrywanie cukrów w profilach białkowych.
6. Separacja i analiza właściwości biologicznych lizozymu.
Metoda podająca - wykład w formie prezentacji multimedialnych wsparty rycinami i krótkimi filmami instruktażowymi, przykłady rozwiązywania problemów.
Ćwiczenia laboratoryjne, praca doświadczalna z zakresu preparatyki i analizy białek, laboratorium komputerowe - ćwiczenia z wykorzystaniem zasobów białkowych baz danych i programów komputerowych dedykowanych analizie białek.
| Outcome description | Outcome symbols | Methods of verification | The class form |
Egzamin końcowy przeprowadzony jest w formie pisemnej. Każdy student zobligowany jest do udzielenia krótkich odpowiedzi na trzy pytania otwarte oraz rozwiązania testu jednokrotnego wyboru (30 pytań). Zestaw przykładowych zagadnień (pytań) jest przedstawiony i omówiony podczas wykładów.
Ćwiczenia laboratoryjne: warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnych ocen z kolokwium zaliczeniowego oraz ze wszystkich zadań przewidzianych do realizacji w ramach programu,tj.: przygotowania charakterystyki białka na podstawie dostępnych baz danych i programów komputerowych, realizacji i samodzielnego opracowania wyników w ramach 3 cykli zadań laboratoryjnych. Każdorazowo, cena pozytywna - powyżej 60% uzyskanych punktów.
Ocena końcowa z przedmiotu to średnia arytmetyczna ocen cząstkowych.
1. Berg J.M., J.L. Tymoczko, L. Stryer, Biochemia (wyd.IV), PWN, Warszawa, 2009.
2. Hames B.D., N.M. Hooper, Krótkie wykłady: Biochemia (wyd.III), PWN, Warszawa, 2010.
3. Doonan S., Białka i peptydy, PWN, Warszawa, 2008
1. Zgirski, R. Gondko, Obliczenia biochemiczne, PWN, Warszawa, 2010.
2. Kłyszejko-Stefanowicz L., Ćwiczenia z biochemii, PWN, Warszawa, 2011.
3. Alberts B., D. Bray, K. Hopkin, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts, P. Walter,
4. Kraj A., A. Drabik, J. Silberring, Proteomika i metabolomika, Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego, 2010.
Modified by dr Elżbieta Heger (last modification: 26-04-2021 10:43)
