SylabUZ
Nazwa przedmiotu | Zastosowanie bioinformatyki |
Kod przedmiotu | 13.9-WB-BTD-ZaBio-S20 |
Wydział | Wydział Nauk Biologicznych |
Kierunek | Biotechnologia / Biotechnologia farmaceutyczna |
Profil | ogólnoakademicki |
Rodzaj studiów | drugiego stopnia z tyt. magistra |
Semestr rozpoczęcia | semestr zimowy 2022/2023 |
Semestr | 2 |
Liczba punktów ECTS do zdobycia | 2 |
Typ przedmiotu | obowiązkowy |
Język nauczania | polski |
Sylabus opracował |
|
Forma zajęć | Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) | Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) | Forma zaliczenia |
Laboratorium | 30 | 2 | - | - | Zaliczenie na ocenę |
Poznanie bioinformatycznych metod badawczych oraz bioinformatycznych i biologicznych baz danych/serwisów internetowych. Poznanie wybranych aplikacji, metod i algorytmów bioinformatycznych oraz ich zastosowań.
Obsługa komputera i Internetu.
Tematyka praktycznych ćwiczeń laboratoryjnych:
- bioinformatyczne i biologiczne bazy danych/serwisy internetowe,
- analiza ewolucji organizmów w tym organizmów o znaczeniu przemysłowym/biotechnologicznym. Atraktory organizmów,
- modelowanie i analiza struktur białek,
- wzajemne dopasowanie sekwencji. Macierz kropkowa (dot-matrix) 2D i nD. Semihomologia genetyczna,
- metody czyszczenia dot-matrix. Współczynnik Pan i jego zastosowanie. Szacowanie istotności podobieństwa porównywanych sekwencji. Określanie reprezentantów,
- wybrane zastosowania dot-matrix. Detekcja insercji, delecji oraz typów semihomologii. Specyfika anemii sierpowatej,
- dystanse ewolucyjne. Drzewa filogenetyczne oraz metody i algorytmy ich tworzenia,
- analiza rozwoju nowotworów. Specyfika atraktorów nowotworowych,
- implementacja metod o funkcjonalności bioinformatycznej.
Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego.
Opis efektu | Symbole efektów | Metody weryfikacji | Forma zajęć |
Laboratorium - warunkiem zaliczenia jest uzyskanie pozytywnych ocen ze wszystkich ćwiczeń laboratoryjnych przewidzianych do realizacji w ramach programu laboratorium. Ocena końcowa z laboratorium jest średnią arytmetyczną ocen uzyskanych z poszczególnych ćwiczeń laboratoryjnych.
1. Baxevanis A.D, Ouellette B.F.F. (red.), Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.
2. Berg J.M, Tymoczko J.L., Stryer L., Biochemia, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2005.
3. Hall B.G., Łatwe drzewa filogenetyczne - poradnik użytkownika, Warszawa 2008.
4. Higgs P.G., Attword T.K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2011.
5. Xiong J., Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2011.
Zmodyfikowane przez dr hab. inż. Andrzej Kasperski, prof. UZ (ostatnia modyfikacja: 23-04-2022 12:47)