SylabUZ
Nazwa przedmiotu | PW15b - Statystyczne i niestatystyczne metody analizy porównawczej białek |
Kod przedmiotu | 13.9-WB-Biol2P-Biolog.-S16 |
Wydział | Wydział Nauk Biologicznych |
Kierunek | Biologia |
Profil | ogólnoakademicki |
Rodzaj studiów | pierwszego stopnia z tyt. licencjata |
Semestr rozpoczęcia | semestr zimowy 2017/2018 |
Semestr | 6 |
Liczba punktów ECTS do zdobycia | 2 |
Typ przedmiotu | obowiązkowy |
Język nauczania | polski |
Sylabus opracował |
|
Forma zajęć | Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) | Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) | Forma zaliczenia |
Laboratorium | 15 | 1 | 9 | 0,6 | Zaliczenie na ocenę |
Wykład/Zdalne | 15 | 1 | 9 | 0,6 | Zaliczenie na ocenę |
Celem przedmiotu jest zapoznanie sie ze statystycznymi i niestatystycznymi metodami analizy porównawczej białek. Porównanie skuteczności i wiarygodności obu rodzajów metod. Szczegółowe zapoznanie się z powszechnie stosowanymi metodami analizy porównawczej opartymi o stochastyczne macierze PAM i BLOSUM, oraz z algorytmem semihomologii genetycznej jako przykładu aplikacji niestatystycznej. Wady i zalety przedstawionych aplikacji.
Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego.
Charakterystyka podstawowych założeń statystycznych aplikacji służących do analizy porównawczej sekwencji białkowych. Konsekwencje stosowania aplikacji opartych na macierzach PAM i BLOSUM w interpretacji procesów zmienności mutacyjnej na poziomie fenotypowym białek. Algorytm semihomologii genetycznej - jako przykład alternatywnej niestatystyczne aplikacji do analizy porównawczej białek. Charakterystyka algorytmu semihomologii genetycznej i jego fundamentalnych założeń. Informacje jakie można uzyskać w wyniku zastosowania aplikacji statystycznych i niestatystycznych. Wartość poznawcza poszczególnych aplikacji. Wiarygodność otrzymywanych wyników.
Wykład z prezentacjami multimedialnymi (PowerPoint) oraz korzystaniem z bioinformatycznych serwisów i baz danych online oraz specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Ćwiczenia praktyczne z wykorzystaniem biologicznych baz danych i specjalistycznego oprogramowania bioinformatycznego. Korzystanie z materiału zdalnego nauczania (e-learning)
Opis efektu | Symbole efektów | Metody weryfikacji | Forma zajęć |
Test zaliczeniowy.
Ocena końcowa to zaliczenie na ocenę uzyskaną w wyniku rozwiązania testu zaliczeniowego.
1. Baxevanis, A.D, Ouellette, B.F.F. (red.), Bioinformatyka, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2004.
2. Jin Xiong, Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2011
3. Higgs Paul G., Attword Teresa K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2008.
Zmodyfikowane przez dr hab. Jacek Leluk, prof. UZ (ostatnia modyfikacja: 24-04-2017 17:33)