SylabUZ
Nazwa przedmiotu | PW7b - Profilowanie genomów i transkryptomów |
Kod przedmiotu | 13.9-WB-BTP-Profil.gen.-S16 |
Wydział | Wydział Nauk Biologicznych |
Kierunek | Biotechnologia |
Profil | ogólnoakademicki |
Rodzaj studiów | pierwszego stopnia z tyt. licencjata |
Semestr rozpoczęcia | semestr zimowy 2017/2018 |
Semestr | 4 |
Liczba punktów ECTS do zdobycia | 3 |
Typ przedmiotu | obowiązkowy |
Język nauczania | polski |
Sylabus opracował |
|
Forma zajęć | Liczba godzin w semestrze (stacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (stacjonarne) | Liczba godzin w semestrze (niestacjonarne) | Liczba godzin w tygodniu (niestacjonarne) | Forma zaliczenia |
Wykład | 15 | 1 | - | - | Zaliczenie na ocenę |
Laboratorium | 15 | 1 | - | - | Zaliczenie na ocenę |
Wprowadzenie w zagadnienia wielkoskalowych analiz genomów i transkryptomów. Prezentacja typów mikromacierzy, zasad ich projektowania i wykorzystywanych sond molekularnych w zależności od planowanego eksperymentu. Prezentacja repozytoriów sekwencji biologicznych, pozyskiwania danych, ich ograniczeń oraz narzędzi bioinformatycznych do przeszukiwania zasobów, rozpoznawania i przekształcania formatów uzyskanych danych.
Ukończenie kursu biochemii i genetyki.
Strategie sekwencjonowania genomów i transkryptomów. Składanie i analiza sekwencji EST, składanie sekwencji genomowych, adnotacje genomów. Identyfikacja genów w sekwencjach genomowych prokariotów i eukariontów. Analiza elementów powtarzalnych. Identyfikacja elementów regulatorowych. Wielkoskalowe techniki analizy ekspresji genów. Analiza ekspresji genów na podstawie danych z mikromacierzy, EST i SAGE. Zasady planowania i przeprowadzania eksperymentów mikromacierzowych. Rodzaje mikromacierzy. Metody projektowania sond. Metody analizy danych mikromacierzowych. Wprowadzenie do systemów baz danych.
Wykład z prezentacjami multimedialnymi. Laboratorium komputerowe - samodzielna praca z wykorzystaniem zasobów internetowych baz danych ekspresyjnych.
Dyskusje uzyskiwanych wyników.
Opis efektu | Symbole efektów | Metody weryfikacji | Forma zajęć |
1. Obecność na zajęciach.
2. Pozytywna ocena zaliczenia laboratoriów na podstawie prawidłowo wykonanych analiz, ich interpretacji i opracowań w formie sprawozdania. Na pozytywną ocenę (dostateczny) należy uzyskać co najmniej 60% zaplanowanych punktów.
3. Pozytywna ocena zaliczenia wykładu - test złożony z 30 pytań jednokrotnego wyboru - należy uzyskać co najmniej 60% zaplanowanych punktów.
Xiong J. 2009 Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa.
Brown TA, Genomy. Wydawnictwo Naukowe PWN; wydanie II, 2009.
Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), 2004. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. PWN, Warszawa.Higgs
P.W., Attwood T.K. 2008. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa.
Lesk A. Introduction to Genomics. Wydawnictwo Oxford University Press, 2007.
Campbell A.M., Heyer L.J. Discovering Genomics, Proteomics and Bioinformatics. Wydawnictwo Benjamin Cummings; wydanie II, 2006.
Briat J.F. Functional Plant Genomics. Wydawnictwo: Science Publishers, 2007.
Zmodyfikowane przez dr Elżbieta Heger (ostatnia modyfikacja: 15-05-2017 16:09)